AU project

Улучшение качества геномных сборок: поиск структурных ошибок и заполнение разрывов в скаффолдах

Проект посвящен задаче улучшения качества сборки геномов de novo и выполнен в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН. Дата защиты: июнь 2015. 

Разработка алгоритмов для анализа палео-геномов

Выравнивание ридов, полученных в результате секвенирования древних образцов ДНК, на референс современного организма представляет собой сложную задачу. Одна из основных проблем здесь - это ошибки в древней последовательности ДНК, которые могут быть ошибочно рассмотрены как SNP, и, следовательно, могут привести к искажению результатов. Для того, чтобы избежать такой ситуации, необходимо наличие инструмента, позволяющего оценить вероятность ошибки в древней ДНК.

Улучшение результатов работы MGRA2 и разработка алгоритма для решения проблемы медианы с событиями вставок и удалений

На данный момент из всего множества алгоритмов, которые реконструируют предковые геномы, существует два явных лидера GASTS и MGRA. Если первое программное средство пытается итеративно решать проблему медианы с помощью, так называемых адекватных подграфов, то второе программное средство пытается решить эту проблему используя максимум доступной информации с помощью модели T-консистентных цветов и множественного breakpoint графа. Удивительно то, что адекватные подграфы размера 1, это тоже самое, что хорошие циклы/пути в терминах MGRA.

Сборка скаффолдов на основе анализа геномных перестроек

Проект выполняется в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН по направлению "Алгоритмическая биоинформатика". Дата защиты: июнь 2015 года.

Предсказание оксидирования метионина с использованием информации о третичной структуре белка

Проект выполняется в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН по направлению "Алгоритмическая биоинформатика". В данной работе применяются подходы машинного обучения для предсказания оксидирования метионина по третичной структуре белка. Дата защиты: июнь 2015 года.

 

Моделирование конформационных изменений структур вариабельных доменов антител

Проект выполняется в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН по направлению "Алгоритмическая биоинформатика". Дата защиты: июнь 2015 года.

Pages

Subscribe to RSS - AU project