Реконструкция филогенетических деревьев на основе данных о перестройках и событиях вставок и удалений генов
Работа выполнялась в рамках магистерской диссертации в СПбАУ РАН. Дата защиты: июнь 2015.
В данной работе представлены методы извлечения информации из брейкпоинт графа и восстановления филогенетических деревьев на их основе. Разработанный алгоритм основан на поиске паттернов в брейкпоинт графе, их декодирования и дальнейшего восстановления на основе полученной информации. В отличие от большинства аналогичных методов, он способен работать с данными со вставками и удалениями синтенных блоков, несобранными данными и использовать информацию об известных поддеревьях. Также алгоритм позволяет заменять способы извлечения информации из брейкпоинт графа, что оставляет возможности для его дальнейшего расширения. Алгоритм реализо ван как часть программного пакета MGRA2, доступного под лицензией GNU GPL v2.0.