AU project

dipSPAdes является новым приложением, разработанным в лаборатории алгоритмической биологии СПбАУ и предназначенным для сборки высоко полиморфных диплоидных геномов. Целью настоящего проекта является разработка и интеграция в dipSPAdes алгоритма, позволяющего de novo собирать гапломы диплоидных геномов (haplotype assembly) на основе подхода, уже реализованного в dipSPAdes. Для достижения поставленной цели была адаптирована концепция двудольного взвешенного конфликт-графа, а также разработан алгоритм его построения.

Сборка диплоидных геномов - это сложная и на данный момент не до конца решенная задача из-за наличия различий между гапломами. DipSPAdes - приложение, предназначенное для сборки диплоидных геномов, использующее графы де Брюина. Целью данного проекта являлся анализ работы dipSPAdes на различных данных, поиск сложных полиморфизмов и модификация существующего алгоритма построения консенсусных контигов для корректной работы с такими полиморфизмами.

MGRA has troubles in genomic regions of high breakpoint reuse; we plan to eliminate these troubles by locally increasing resolution in such regions. Our goal is to increase the accuracy of MGRA tool. Synteny blocks of low resolution tend to be more reliable then high resolution blocks, but we may miss multiple evolutionary event while working with low resolution blocks only.

Работа выполнена в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН. Защита диссертации состоялась 6 июня 2014 года. 

Работа выполнена в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН. Защита диссертации запланирована на июнь 2014 года. 

Целью проекта является поиск структурных вариаций генома различных штаммов Mycobacterium tuberculosis (обычно изучаются лишь однонуклеотидные полиморфизмы). Для этого необходимо провести сборку геномов M. tuberculosis до контигов, их сравнение с референсными геномами (прежде всего, H37Rv) с использованием биоинформатических подходов, определить вероятные области геномных перестроек и методом ПЦР проверить наличие указанных перестроек в образцах ДНК отобранных изолятов. Это исследование позволит лучше изучить структуру генома M.

В последовательности нуклеотидов k-меры - подпоследовательности длины k. Подсчёт вхождений таких подпоследовательностей является главным этапом в некоторых алгоритмах геномной сборки и нуклеотидного выравнивания. Цель нашей работы - сравнение состава k-меров в геномах, просеквенированных разными платформами. На примере двух модельных организмов - дрожжей и мыши - проанализирован спектр к-меров, их состав и уникальность. Сравнение Roche 454 и Illumina платформ позволило оценить количество ошибок, вносимых разными технологиями секвенирования.

Проект "Обработка данных секвенирования Sanger" посвящен первичной обработке результатов работы секвенатора и включает в себя обработку abif-файлов, выравнивание длинных ридов с различными заданными эвристиками и создание отчетов, влючающих в себя консенсусные хроматограммы и результаты выравнивания в vcf-формате. Актуальность проекта обусловлена отсутствием в биоинформатической среде программ для пакетной обработки данных секвенирования Sanger, с чем наш тул успешно справляется.