Наиболее популярным решением задачи сравнения метагеномных образцов на данный момент является использование алгоритмов из семейства Unifrac, что, однако, оказывается неэффективно для решения задачи поиска ближайших соседей (NNS, nearest neighbor search) по заданному образцу в больших базах данных.