Пайплайн для совмещения данных о топологически ассоциированных доменах ДНК с данными о характерных сочетаниях геномных маркеров
Проект выполняется в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН по направлению "Алгоритмическая биоинформатика". Дата защиты: июнь 2015 года.
В настоящей работе представлен метод сопоставления устойчивых сочетаний геномных и эпигенетических маркеров (модификаций гистонов и сайтов связывания транскрипционных факторов) с границами топологически ассоциированных доменов хроматина, осуществлена автоматизация обработки данных, полученных методом Hi-C, с целью выделения границ топологически ассоциированных доменов, а также частичная автоматизация обработки данных, полученных методом ChIP-Seq, с целью нахождения устойчивых сочетаний маркеров. Скрипты, реализующие указанные сопоставление и автоматизацию, доступны в репозитории на портале GitHub под лицензией GNU GPL версии 2 и выше (https://github.com/sidorov-