Моделирование конформационных изменений структур вариабельных доменов антител
Проект выполняется в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН по направлению "Алгоритмическая биоинформатика". Дата защиты: июнь 2015 года.
Малыми молекулами называют химические соединения, имеющие массу не более 900 а.е.м. Под этот критерий подходит большинство используемых в современном мире лекарственных средств, поэтому задача поиска новых соединений, обладающих лекарственными свойствами, является одной из самых главных задач, стоящих перед современной фармацевтикой. Существует несколько различных способов поиска таких молекул, и одним из них является генерация набора молекул с последующим автоматическим выбором тех из них, которые потенциально будут являться лекарственными средствами. Работа посвящена первому этапу из этих двух, и рассматривает создание генератора уникального множества молекул на основе молекулы-образца с использованием заданного набора радикалов для изменения. Приведено решение задачи снижения количества генерируемых одинаковых молекул, а также быстрый способ отсеивания одинаковых молекул в большом наборе с использованием ядер графа.
Время выполнения проекта:
Sep 2014 — Jun 2015