Сборка скаффолдов на основе анализа геномных перестроек
Проект выполняется в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН по направлению "Алгоритмическая биоинформатика". Дата защиты: июнь 2015 года.
В данной работе представлен новый алгоритм построения скаффолдов с помощью нескольких референсных геномов, а также его расширение, опирающееся на дополнительную информацию о повторах. На симулированных данных базовая версия алгоритма показала результаты лучше, чем его сильнейший конкурент Ragout, а расширенная версия настолько эффективна, что может стать достаточно веской причиной для разработчиков ассемблеров, чтобы выводить необходимую информацию о повторах.
Время выполнения проекта:
Sep 2014 — Jun 2015