AU project

Networks Integration

Данный проект является прямым следствием применения алгоритмического подхода, позволяющего одновременно определять гены и некорректно функционирующие пути в молекулярной сети взаимодействий относительно изучаемого заболевания. Для этого используются профили экспрессии генов, локусы, которые имеют значительные изменения в CNV, и сети разных по типу молекулярных взаимодействий.
Изначальная цель проекта — интеграция различных геномных данных в результат работы этого алгоритма.
К задачам проекта можно отнести следующие:

Local Sequence Alignment by Using Onchip Parallelism

Большинство алгоритмов, используемых в биоинформатике, по определению предназначены для работы с данными большого размера. Поэтому их эффективность является ключевым фактором.
Один из возможных вариантов ее увеличения -- это использование дополнительных возможностей процессора, позволяющих ускорять некоторые элементарные операции за счет использования внутрирегистровой векторизации вычислений.

Screening Pipeline Construction Application

Целью предлагаемого проекта являлось создание интегрированной системы, позволяющей отслеживать и контролировать данные скрининга на всех этапах, с удобным скриптовым/конфигурируемым интерфейсом для сборки пайплайнов пользователями. 

В итоге была сформирована структура базы данных для работы пайплайнов, построена абстракция для оборачивания существующих приложений для их дальнейшего встраивания в пайплайн и завернуто в нее первое приложение из существующих.

Strategies for the Development of Panels of Genetic Markers for Human Identification

Проект посвящен стратегиям разработки панелей генетических маркеров для идентификации личности. В криминалистике и судебной медицине используются тесты идентификации личности, основанные на генетическом материале. Основным идентификатором является аллель. Для каждого аллеля характерна своя частота в конкретной популяции, что позволяет решать задачи о выборе наиболее эффективных маркеров для заданного набора популяций.

Построение и оценка качества репертуаров антител

Проект выполняется в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН по направлению "Алгоритмическая биоинформатика". Дата защиты: июнь 2015 года.
 

Анализ репертуаров антител - это новый подход к исследованию имунного ответа. Количество IgSeq данных (секвенирование РНК последовательностей антител) стремительно увеличивается и появляются новые алгоритмы для построения репертуара, вследствие чего появляется необходимость оценивать результаты их работы.

Секвенирование, сборка и аннотация SNP у штаммов Saccharomyces cerevisiae Петергофской генетической коллекции

Дрожжи Saccharomyces cerevisiae являются модельным генетическим объектом. В 1996 году штамм S288C стал первым эукариотическим отсеквенированным организмом. К настоящему моменту отсеквенированы и многие другие лабораторные и производственные штаммы (Saccharomyces Genome Database, www.yeastgenome.org), однако не все они собраны до целых хромосом. 

Определение копийности контигов с использованием информации о сборке

Известно немало случаев, когда болезнь ассоциирована с некоторыми структурными вариациями (СВ) генома. Особняком при этом стоит проблема определения изменения копийности некоторого участка ДНК, которое, как правило, состоит в множественном копировании и вставке его по всему геному. Вопрос определения копийности особенно остро стоит в раковой геномике, где доказано влияние копийности генов супрессоров или активаторов опухолей на канцерогенез.

Анализ поверхности взаимодействия белков и поиск наиболее значительных позиций методом in silico Ala-scan

Проект выполняется в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН по направлению "Алгоритмическая биоинформатика". Дата защиты: июнь 2015 года.

Mammalian Ragout

Проект посвящен усовершенствованию утилиты Ragout. Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) - это программный продукт, позволяющий улучшать сборку, основываясь на информации о геномах родственных организмов. Изначально проект разрабатывался для бактериальных геномов, но было решено расширитa алгоритм для возможности работы с более длинными геномами млекопитающих. Однако были обнаружены ошибки при сборке генома дрозофилы. В течение летней стажировки было предложено собрать данный организм и изучить работу Ragout на нем.

Comparative Genomics of Caribbean Parrots Amazona sp.

Попугаи рода Amazona, обитающие на островах бассейна Карибского моря, находятся под угрозой исчезновения из-за уничтожения естественной среды обитания и интенсивного отлова для содержания в неволе.

Pages

Subscribe to RSS - AU project