Реконструкция филогенетических деревьев на основе данных о перестройках и событиях вставок и удалений генов
Проект выполняется в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН по направлению "Алгоритмическая биоинформатика". Дата защиты: июнь 2015 года.
Данная работа является результатом продолжительного исследования в рамках обучения на магистерской программе Академического университета и Института биоинфомратики. Результатом работы является создание программного средства нового поколения, называющегося MGRA2, позволяющего находить предковые геномы и трансформацию до них, а также реконструировать филогенетические деревья на основе информации о структурных изменениях. Полученная программа обладает рядом преимуществ по сравнению с конкурентами: учитывает события вставок и удалений генов, имеет высокую точность получаемых результатов, измеренных разными метриками, работает с циклическими и линейными геномами, позволяет работать с геномами млекопитающих, а также учитывает линейность существующих геномов при восстановление их предков.
Исходный код программы доступен по адресу: https://github.com/ablab/mgra
Для пользователей, также доступен веб-сервер по адресу http://mgra.cblab.org/
Время выполнения проекта:
Sep 2014 — Jun 2015