BI project

Проект выполняется в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН по направлению "Алгоритмическая биоинформатика". В данной работе применяются подходы машинного обучения для предсказания оксидирования метионина по третичной структуре белка. Дата защиты: июнь 2015 года.

Проект выполняется в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН по направлению "Алгоритмическая биоинформатика". Дата защиты: июнь 2015 года.

Проект выполняется в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН по направлению "Алгоритмическая биоинформатика". Дата защиты: июнь 2015 года.

Проект выполняется в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН по направлению "Алгоритмическая биоинформатика". Дата защиты: июнь 2015 года.

Полимеразная цепная реакция повсеместно используется в молекулярной биологии и связана с большим количеством практических областей (диагностика инфекционных заболеваний, криминалистка, секвенирование и пр.).

Гены семейства nxf (nuclear export factor) обнаружены у грибов и животных. У различных организмов в состав этого семейства входит разное число генов: от одного до пяти. Ген nxf1, давший название семейству, является наиболее древним и консервативным в семействе. У этого гена кроме основного транскрипта существует альтернативная форма с невырезаемым интроном.

There are multiple discussions that a flat VCF file format is not optimal for storing genetic variation information. The alternative solution is to use Graph databases for it. As an example a Global Alliance for Genomics and Health which includes 217 members choose to use Graph DB. Multiple discussions and prototypes indicated at least following benefits for Graph based representation of mutations: 1. Possibility to use read mappers which will take in account all known mutations and gaplotypes; 2. Significant speed up for annotation of new VCF files; 3.

В проекте была поставлена задача разработать панели для таргетного секвенирования заданных SNP и написать программное обеспечение для поиска этих SNP в ридах, полученных от секвенатора. По результатам поиска надо было вывести найденные аллели и их координаты, а также ссылки на дополнительное описание для каждой найденной аллели. В результате работы были выполнены обе задачи, первая полностью, вторая с некоторыми допущениями (поиск в ридах без учета indel'ов).

Проект посвящен доработке ассемблера оптических карт, разработанного Антоном Валуевым (PhD в Университете Южной Калифорнии, США).