Разработка диагностической системы предрасположенности к клинической депрессии на основе таргетного секвенирования

В проекте была поставлена задача разработать панели для таргетного секвенирования заданных SNP и написать программное обеспечение для поиска этих SNP в ридах, полученных от секвенатора. По результатам поиска надо было вывести найденные аллели и их координаты, а также ссылки на дополнительное описание для каждой найденной аллели. В результате работы были выполнены обе задачи, первая полностью, вторая с некоторыми допущениями (поиск в ридах без учета indel'ов). Программа была реализована в виде скрипта на языке Python 3.4 и использует расстояние Хэмминга с дополнительными проверками для повышения точности результатов.

Куратор:
   Алексей Сазанов
Время выполнения проекта: Sep 2014 — Dec 2014
Файлы:
   furmenkov_13122014.pdf