Сборка оптических карт: доработка ассемблера и моделирование данных оптического картирования

Проект посвящен доработке ассемблера оптических карт, разработанного Антоном Валуевым (PhD в Университете Южной Калифорнии, США).

Оптическое картирование --­ развивающийся и перспективный метод, позволяющий получать полногеномные рестрикционные карты с высоким разрешением. Он находит применение в скаффолдинге, медицинской диагностике, исследованиях мобильных генетических элементов и прикладной эпидемиологии. В ходе работы над проектом были предложены модели возникновения ошибок оптического картирования, позволяющие получать in silico данные, близкие к реальным данным оптического картирования. Был создан скрипт, реализующий обе модели. На полученных in silico данных было проведено тестирование сборщика в условиях обеих моделей.

Кроме того, был произведен рефакторинг кода ассемблера в части оформления и создан скрипт для кроссплатформенной сборки с использованием cmake. Таким образом, удалось подготовить проект к следующей стадии: анализу параметров выравнивания оптических ридов и анализу процедур построения и коррекции графа сборки.