BI project

Scaffolding and Optical Map Assembly: Testing and Adaptation of Existing Software

Целью проекта являлось создание работающего прототипа скаффолдера, использующего совместно парные последовательности (парные риды, mate-pairs, BAC-концы, фосмиды), длинные риды PacBio и физические карты (группы сцепления, оптические карты, карты радиационных гибридов).

Поиск ретротранспозонов в больших последовательностях

В геноме эукариот очень много мобильных элементов. Считается, что они оказывают значительное влияние на эволюцию гена и структуры хромосом. Существуют значительная потребность в идентификации подобных мобильных элементов. Полные ретровирусные последовательности составляют существенную часть генома позвоночных. В данной работе были разобраны основные методы поиска мобильных элементов, а так же рассмотрены популярные программы, реализующие эти методы, их достоинства и недостатки.

Определение копийности контигов с использованием информации о сборке

Известно немало случаев, когда болезнь ассоциирована с некоторыми структурными вариациями (СВ) генома. Особняком при этом стоит проблема определения изменения копийности некоторого участка ДНК, которое, как правило, состоит в множественном копировании и вставке его по всему геному. Вопрос определения копийности особенно остро стоит в раковой геномике, где доказано влияние копийности генов супрессоров или активаторов опухолей на канцерогенез.

Анализ поверхности взаимодействия белков и поиск наиболее значительных позиций методом in silico Ala-scan

Проект выполняется в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН по направлению "Алгоритмическая биоинформатика". Дата защиты: июнь 2015 года.

Mammalian Ragout

Проект посвящен усовершенствованию утилиты Ragout. Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) - это программный продукт, позволяющий улучшать сборку, основываясь на информации о геномах родственных организмов. Изначально проект разрабатывался для бактериальных геномов, но было решено расширитa алгоритм для возможности работы с более длинными геномами млекопитающих. Однако были обнаружены ошибки при сборке генома дрозофилы. В течение летней стажировки было предложено собрать данный организм и изучить работу Ragout на нем.

Новый подход для детекции делеций в данных NGS, полученных с использованием мультиплексной ПЦР

Проект выполняется в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН по направлению "Алгоритмическая биоинформатика". Предполагаемая дата защиты: июнь 2015 года.

rnaQUAST: Quality Assessment Tool for Transcriptome Assemblies

Работа является продолжением проекта предыдущего семестра. Цель проекта -- создание утилиты rnaQUAST, позволяющей оценивать качество транскриптомных сборок и сравнивать существующие ассемблеры.

Автоматизация подготовки гомологического фолдинга

Получение правильной структуры белков является одним из главных задач протеомики. Один из способов её приблизительного решения - гомологический фолдинг. Это метод, использующий дополнительную информацию в виде базы похожих по функциональности белков с известной структурой, который получает ответ для исходного белка на основе структуры найденного гомологичного ("похожего"). В работе из всего многообразия белков рассматривались только иммуноглобулины, если точнее - структуры их легкой и тяжёлой цепей.

Mini-metagenomes Assembled by SPAdes

Работа посвящена обработке мини-метагеномов, собранных с помощью SPAdes. Рассмотрены методы разделения контигов по видам (metagenome binning) без использования баз данных бактериальных геномов. Рассмотрены различные методы построения векторов для кластеризации, а также различные методы кластеризации. Данные брались как смоделированные, так и реальные.

Virtual target screening for KY0211 inhibitor

Компьютерное моделирование взаимодействия белок-лиганд представляет собой аналог биологического скрининга и позволяет определять наиболее вероятные мишени для исследуемого вещества. Лиганды, связывающиеся с активными центрами ферментов и модулирующие тем самым сигнальные каскады, являются потенциальными фармакологическими препаратами, способными привести в норму аномальное изменение активности сигнального пути.

Pages

Subscribe to RSS - BI project