BI project

В последнее время наблюдается большой интерес к экзомному секвенированию (WES). Являясь более дешевым, чем полногеномное секвенирование, оно дает больше информации о клинически значимых областях генома. Цель проекта - сравнить качественные характеристики экзомных библиотек, приготовленных с помощью различных китов.

Шаперон GroEL относится к АТФ-зависимым молекулярным шаперонам. GroEL взаимодействует с большим колличеством белкв, предотвращая их агрегацию. и является основным представителем семейства хит-шок белков. В присутствии адениновых нуклеотидов GroEL взаимодействует с ко-шаперонином CroES.Необходимо будет найти консерватиные остатки для этих белков из разных классов организмов.

Цель проекта — создание протеомной карты белков, взаимодействующих с амилоидогенным Aß­пептидом. Карта взаимодействий для его предшественника APP довольно обширна и включает в себя порядка 2 тысяч взаимодействий, однако неясно, какие из этих взаимодействий могут быть справедливы и для Aß. В ходе проекта был проведен поиск по информации об известных взаимодействиях с APP на предмет справедливости этого взаимодействия и для Aß­пептида.

Задача проекта состояла в том чтобы расширить пайпалайн сборки в SPAdes, а именно добавить функциональность позволяющую упростить граф Де Брёйна до того как начнется его сжатие.

В результате, на основе структур данных, уже реализованных в SPAdes, был разработан Erroneous Connection Remover, удаляющий большое количество коротких, плохо покрытых путей в несжатом графе Де Брёйна, что позволило освободить значительное количество ресурсов и ускорить общее время сборки генома.

Сравнить геномы человека Бронзового века с геномами современных людей.

Задача: прогнать эти данные на наследственные заболевания, посмотреть, чем болели, чем не болели. Посмотреть, как они проецируются на современного человека. На кого он больше похож? На древнего кельта? Использовать данные чипов для кроссвалидации.

Данные открыты: http://www.nature.com/nature/journal/v522/n7555/full/nature14507.html

Целью проекта является изучение потенциала алгоритма полулокального выравнивания seaweed, а именно решения задачи поиска выравниваний, на которых достигаются оптимальные значения задачи наибольшей общей подпоследовательности для двух подстрок входных данных.

ClusDec - это программа, осуществляющая деконволюцию типов клеток по данным экспрессии. Целью проекта было протестировать ClusDec на разных данных и валидировать результаты его работы. В результате предложен вариант, как осуществлять аннотацию клеточных типов по маркерный генам, так как стандартные программы (DAVID, MSigDB) не позволяют отличить близкие типы клеток, а также оценены некоторые метрики, использующиеся при деконволюции.

Цель проекта — провести полную деконволюцию существующих данных по microarray или RNAseq с помощью R-пакета Clusdec.

Задачи:

Нахождение оптимального клеточного базиса для сборки транскриптома.

РНК-сек - технология, позволяющая оценить экспрессию генов и найти новые транскрипты. Новые биоинфоматические программы, использующие современные алгоритмы кванитификации без выравнивания прочтения, позволяют существенно увеличить скорость обработки данных и заниматься мета-анализом больших датасетов для получения новой биологической информации.

GeneQuery - веб-сервер для генерации биологических гипотез на основании транскрипции.

GeneQuery - веб-сервер для поиска фенотипов по ко-экспрессируемым генам у мыши и человека,  использующий базу автоматически кластеризованных методом WGCNA.данных ДНК-микрочипов из базы GEO. Цель данного проекта - доработка и улучшение данного инструмента.