Сравнительный анализ качественных характеристик секвенирования экзомных библиотек (Illumina, Roche, Agilent)

В последнее время наблюдается большой интерес к экзомному секвенированию (WES). Являясь более дешевым, чем полногеномное секвенирование, оно дает больше информации о клинически значимых областях генома. Цель проекта - сравнить качественные характеристики экзомных библиотек, приготовленных с помощью различных китов.

Был проведен запуск секвенатора Illumina HiSeq2500 в режиме high-output. Отсеквенированы две группы образцов: восемь образцов экзомов человека, приготовленных с помощью Illumina Nextera Rapid Capture Enrichment Reference Guide и шесть с помощью Roche NimbleGen SeqCap EZ Library SR.

Полученные риды были выровнены на референсный геном человека (1000 Genomes project), дуплицированные участки удалены (Picard MarkDuplicates). Для визуализации

использовали IGV tools. Библиотеки покрывают одинаковый набор участков генома. Проведено сравнение библиотек по покрытию участков, соответствующих генам ACTB, GAPDH, TP53. Библиотека Roche дает более равномерное покрытие участка и более воспроизводимые данные для каждого из образцов.