BI project

Субстраты шаперонина GroE E.coli принято разделять на три класса: (1) субстраты, способные достигать нативной конформации без GroE (2) субстраты, взаимодействующие с GroE в стрессовых условиях (3) облигатные субстраты, способные достигать нативной конформации только при взаимодействии с GroE. Известны организмы (преимущественно бактерии класса микоплазм), не имеющие шаперонина GroE. Основной целью данного проекта было сравнение облигатных субстратов GroE и их ортологов из организмов, не имеющих GroE (GroE-).

Project goal:

Identify candidate viral susceptibility genes (polymorphism) based on genetic mapping data and transcriptional profiling of vrius-host interactions.

 

Проект «Перетасовка экзонов в геномах дрожжей: ошибка сборки или биологическая реальность» имел значение ознакомительного с различными базами данных используемыми биоинформатиками и некоторыми программами позволяющими подготавливать данные для анализа и анализировать их. Само название проекта казалось очень спорным уже на этапе сбора данных, сборки всех геномов с обнаруженными «перемешанными» экзонами осуществлялась одним методом.

Результатом работы метода MALDI, относящегося к группе методов масс-спектрометрического изображения, является набор спектров для каждой точки поверхности исследуемого образца ткани. В таком виде данные неприменимы для непосредственного анализа. В общем случае задача заключается в нахождении химического состава каждого участка образца.

Задача: интеграция бесплатной метаболической базы MetaCyc в пакет GAM для совместного анализа изменений транскрипции и метаболизма.

В ходе проекта была изучена структура данных в базах типа BioCyc и написаны скрипты для вычленения нужных для пакета GAM данных. На данный момент база Metacyc встроена в пакет. Пока не получилось опробовать пакет на реальных данных по транскриптому клубенька по ряду причин. 

Инструмент IgRepertoireConstructor применяется для построения репертуара из данных иммуносеквенирования. Одним из этапов алгоритма является выделение плотных подграфов в графе, показывающем "похожесть" исходных данных. В рамках данной задачи предлагалось разработать альтернативный алгоритм нахождения плотных подграфов и статистически оценить адекватность такой модели.

Амплификация генетического материала применяется в экспериментах для искусственного увеличения его количества (пример, при секвенировании РНК или одноклеточном секвенировании). Процесс амплификации не является точным и вносит случайные ошибки (замены, короткие вставки и удаления). Многократное копирование генетической последовательности, ставшей ошибочной на раннем этапе, делает такие ошибки практически неотличимыми от естественных вариаций.

В ходе проведенных ранее исследований в геноме курицы был найден и охарактеризован тандемный повтор (GGAAA)n. Экспериментально установлено, что основные места локализации этого повтора находятся на обоих плечах половой хромосомы W. При предварительном анализе собранного и опубликованного генома курицы Gallus_gallus-4.0 было показано, что этот повтор не входит в состав хромосомы W, в то же время удалось обнаружить его присутствие в других участках собранного генома.