Нахождение оптимального клеточного базиса для сборки транскриптома

Нахождение оптимального клеточного базиса для сборки транскриптома.

РНК-сек - технология, позволяющая оценить экспрессию генов и найти новые транскрипты. Новые биоинфоматические программы, использующие современные алгоритмы кванитификации без выравнивания прочтения, позволяют существенно увеличить скорость обработки данных и заниматься мета-анализом больших датасетов для получения новой биологической информации.

Цель проекта - создание рабочего пайплайна программы Salmon, использующей один из такие алгоритмов, так называемый lightweight alignment. Знакомство с программой происходило путем обработки большого количества библиотек ридов (датасеты HumanProteinProject), таким же образом, как производится сборка любого транскриптома. Результатом проекта является набор скриптов и рабочий журнал проекта, позволяющий получать таблицу с числовыми значениями достаточного для сборки покрытия.

 

Студент:
   Эрик Живкопляс
Куратор:
   Александр Предеус
Время выполнения проекта: Sep 2015 — Dec 2015