Нахождение оптимального клеточного базиса для сборки транскриптома
Нахождение оптимального клеточного базиса для сборки транскриптома.
РНК-сек - технология, позволяющая оценить экспрессию генов и найти новые транскрипты. Новые биоинфоматические программы, использующие современные алгоритмы кванитификации без выравнивания прочтения, позволяют существенно увеличить скорость обработки данных и заниматься мета-анализом больших датасетов для получения новой биологической информации.
Цель проекта - создание рабочего пайплайна программы Salmon, использующей один из такие алгоритмов, так называемый lightweight alignment. Знакомство с программой происходило путем обработки большого количества библиотек ридов (датасеты HumanProteinProject), таким же образом, как производится сборка любого транскриптома. Результатом проекта является набор скриптов и рабочий журнал проекта, позволяющий получать таблицу с числовыми значениями достаточного для сборки покрытия.