BI project

The NF-kB family of transcription factors plays the critical role in inflammation, immunity, cell proliferation, differentiation and metastasis. NF-kB dimers recognize 9-11 nucleotide sequences called kB sites. There are about 13600 human genes with kB sites in promoter region; however not all of them are transcriptionally active. Thus search for functional kB sites could assist in understanding the basic principles that underlie NF-kB regulation.

Протеасома — мультисубъединичный белковый комплекс, осуществляющий деградацию поврежденных и/или более ненужных белков эндогенного происхождения. В результате экспериментальных исследований были получены подтверждения о наличии РНКазной активности у некоторых протеасомных субъединиц (протеасомы растений и животных). Субъединицы проявляют разнообразную активность: особое внимание уделяют протеолитической (химотрипсин-, трипсин- и каспазоподобной), ААА-АТФазной, а также взаимодействиям с регуляторными и сигнальными белками и полипептидами.

Протон-активируемые ионные каналы (ASICs) широко экспрессированы в нервной системе позвоночных. ASICs – потенциал-независимые катионные каналы входящие в суперсемейство эпителиальных натриевых каналов (ENaC/Deg). 

Natural Products (NPs) have an unparalleled track record in pharmacology: most anticancer and antimicrobial agents are natural products or their derivatives. NPs are usually categorized into multiple classes based on their biosynthetic origin (Peptidic NP ­­ PNP, Polyketides, Alkaloids, etc). The amide bond is a well­known structural motif for PNPs. In order to better understand different classes of NPs, motifs in these classes should be found as well.

Существуют наследственные заболевания, присущие определённым человеческим популяциям (народностям, племенам). При этом в процессе географического распространения человека и слияния популяций возникают индивиды, имеющие смешанное происхождение. Из­за множественных рекомбинаций их геномы представляют собой мозаику из оригинального генофонда их предков.

В связи со стабильностью подземной среды и сходным, весьма специфичным, набором ее условий, представители подземных грызунов из разных систематических групп выработали сходный набор адаптаций. В первую очередь, когти и/или зубы животных видоизменились в удобные приспособления для рытья, произошло снижение роли зрения и обострение других чувств: слуха, обоняния и осязания. Коме того, у подземных грызунов произошла значительная перестройка поведения и метаболизма.

ChIP-seq has become a widely adopted genomic assay in recent years to determine binding sites for transcription factors or enrichments for specific histone modifications. Beside detection of enriched or bound regions, an important question is to determine differences between conditions. While this is a common analysis for gene expression, for which a large number of computational approaches have been validated, the same question for ChIP-seq is particularly challenging owing to the complexity of ChIP-seq data in terms of noisiness and variability.

Проект заключается в создании полноценного геномного браузера, специализирующегося на визуализации мобильных элементов генома человека — транспозонов и ретротранспозонов, загружаемых из внешнего источника (файла с данными анализа таргетного секвенирования конкретного пациента) или из стандартной библиотеки.

Полноэкзомное секвенирование - важная альтернатива полногеномному секвенированию для молекулярной диагностики наследственных патологий из-за более низкой цены и большего покрытия клинически важных участков генома. Анализ данных полноэкзомного секвенирования состоит из нескольких этапов: предварительная обработка сиквенсных прочтений, определение вариантов и их клиническая интерпретация. На каждом из этапов необходим контроль качества. 

Natural products are chemical compounds that are produced by a living organism and some of them have evolved to become perfect defence weapons. Despite advances in synthetic methodology, 68% of antibacterial, and 54% of new anticancer chemical entities are nonlinear natural products and such natural products as Vancomycin and Daptomycin are among the most effective antibiotics. Recently, new mass spectrometry-based methods have been developed for interpreting mass spectra of cyclic peptides using de novo sequencing and database search.