Разработка R-пакета для деконволюции типов клеток по данным экспрессии

Цель проекта — провести полную деконволюцию существующих данных по microarray или RNAseq с помощью R-пакета Clusdec.

Задачи:

• проанализировать полученный результат,
• дать биологическое обоснование,
• сравнить эффективность метрик,
• (возможно) разработать более эффективный алгоритм перебора комбинаций на  R. 

Что получилось — был проанализировал датасет GSE17371 как прежней версией ClusDec (учитывает корреляции), так и последней (учитывает косинусы углов экспрессии генов), оценены клеточные пропорции.

Что не совсем получилось — точно идентифицировать клеточные типы. 

Что остается на будущее — разработка пакета в R6 который бы более эффективно перебирал комбинации.