BI project

The recently introduced GemCode technology creates a reagent delivery system that partitions long DNA molecules and prepares sequencing libraries such that all reads that came from the same molecule part share a common barcode. Supposedly, barcode can give us additional information about the location of given sequence. Therefore, barcodes can be used to generate phased haplotype information for human genomes, detect structural variants and interrogate heterogeneous cell populations. But until now no algorithms for genome assembly from this data were published.

Жировая ткань- это разновидность соединительной ткани, состоящая из жировых клеток адипоцитов. В дополнение к адипоцитам, она содержит стромальную сосудистую фракцию клеток, включающую в себя преадипоциты, фибробласты, сосудистые эндотелиальные клетки и макрофаги жировой ткани. Жировая ткань образуется из преадипоцитов. Адипозная ткань является самым большим эндокринным органом в организме человека, активно секретирующим гормоны и сигнальные молекулы.

При апоптозе ДНК клетки конденсируется и разрезается эндонуклеазами, после чего попадает в кровяное русло. Такая ДНК названа свободной циркулирующей ДНК и в норме наблюдается при гибели гранулоцитов и лимфоцитов, при  разрушении синцитиотрофобласта во время беременности или при обычных повреждениях ткани. В то же время фрагментация и образование свободной циркулирующей ДНК наблюдается при апоптозе клеток раковой опухоли.

Dereplication is a process of using information about the chemical structure of previously characterized compounds to interpret mass spectra of compounds in an experimental sample. Identification of a Peptidic Natural Product (PNP) from its variants is called variable dereplication and for this process a special data structure called spectral network is used. Spectral network is a graph where two spectra are connected if their similatity score is higher than some threshold.

Семейство шаперонов или шаперонинов Hsp60 - ключевой компонент машины клеточных шаперонов. Они наиболее консервативный и всюду встречающийся класс молекулярных шаперонов. Шаперонины формируют сложную, кооперативную сеть шаперонов, которая обеспечивает корректное сворачивание новосинтезированных или стресс-денатурированных белков.

РНК-редактирование является важным механизмом диверсификации транскриптома, позволяющим клеткам эукариот варьировать репертуар производимых белков в ответ на изменения внешних условий. Развитие технологий NGS сделало возможным поиск сайтов редактирования в масштабе полного транскриптома, что позволяет исследовать роль этого процесса в патогенезе раковых заболеваний.

Нивальные миксомицеты, амебоидные протисты кл. Myxogastria (Amoebozoa), обитают в безлесном поясе гор по всему миру. Разорванный ареал и наличие крупных плодовых тел делает их удобными объектами для изучения паттернов географического распространения и проверки морфологической концепции вида в отношении микроорганизмов.

Информация об организации генома общего предка группы организмов позволяет предположить его фенотипические характеристики и выделить ключевые эволюционные изменения — транслокации, дупликации и делеции генов, приводящие к появлению разных эволюционных ветвей. Однако узнать структуру предкового генома за счет классических молекулярных методов часто невозможно ввиду отсутствия сохранившихся биологических образцов или их плохого качества.

Наиболее популярным решением задачи сравнения метагеномных образцов на данный момент является использование алгоритмов из семейства Unifrac, что, однако, оказывается неэффективно для решения задачи поиска ближайших соседей (NNS, nearest neighbor search) по заданному образцу в больших базах данных. 

The E92K mutation identified in 9 patients collocated with a primer hybridization site for one of the pair overlapping amplicons covering the 4th exon of the CFTR. This led to an excess of reference nucleotides in the mutation site, which significantly increased probability of wild type nucleotide homozygote and decreased probability of heterozygote, reducing calling quality and mutant allele frequency.