Поиск партнеров по взаимодействию для Абата пептидов
Цель проекта — создание протеомной карты белков, взаимодействующих с амилоидогенным Aßпептидом. Карта взаимодействий для его предшественника APP довольно обширна и включает в себя порядка 2 тысяч взаимодействий, однако неясно, какие из этих взаимодействий могут быть справедливы и для Aß. В ходе проекта был проведен поиск по информации об известных взаимодействиях с APP на предмет справедливости этого взаимодействия и для Aßпептида.
Использовались данные полученные из баз STRING и BioGRID. Результатом работы является группа из 119 белков, для которых точно (с параметром score ≥ 400) показывается взаимодействие с Aß помимо APP. В этом списке отсутствуют ложноположительные результаты, однако изза отсутствия данных для текстмайнинга для всех предполагаемых партнеров, возможно, что некоторые белки не попали в итоговый список. Это и планируется в качестве дальнейшего направления работы по данному проекту.