Reference-assisted assembly using colored breakpoint graphs
В рамках летней стажировки "Reference-assisted assembly using colored breakpoint graphs" (июнь - июль 2013) была проведена работа над одной из задач по разработке инструмента Ragout.
Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) is a tool for assisted assembly using multiple references. It takes a short read assembly (a set of contigs), a set of related references and a corresponding phylogenetic tree and then assembles the contigs into scaffolds.
The benefits of assembly with multiple references become significant, when those references have structural variations compared to the target genome. Even if each reference is structurally divergent, it is possible to assemble the target into the correct set of scaffolds. Enlarge your contigs with Ragout!
Website: http://fenderglass.
Ragout (reference-assisted genome ordering utility) - инструмент позволяющий улучшать de-novo сборку с помощью нескольких референсных геномов. Принимая на вход набор контигов, автоматически собранных ассемблером, Ragout упорядочивает их и объединяет в один или несколько скаффолдов. Преимущество нескольких (по сравнению с одним) референсов становится существенным, когда для секвенируемого организма отсутствуют подходящие близкородственные виды/штаммы, геномы которых полностью собраны.
В Ragout используется граф брекпоинтов для анализа перестроек, произошедших между референсными геномами и определения наиболее вероятного порядка следования обрабатываемых контигов. Также учитывается структура филогенетического дерева, которая подается на вход алгоритма. Данная задача тесно связана с задачей реконструкции геномных последовательностей общих предков и интересна также с теоретической точки зрения.
Подробности (на английском языке): http://fenderglass.