Поиск иммуногенных фрагментов на белковых последовательностях

Иммуногенность -- свойство антигена вызывать иммунный ответ за счет негативного распознавания рецепторами (IG, TCR, MHC). Известно, что иммунный ответ на различные белки связан со свойствами их конформаций: жесткостью структуры, паттернами вторичной структуры и т.д. Распространенным методом предсказания иммуногенности белка является нарезание этого белка на k-меры и определение гомологичности с известными фрагментами, вызывающими иммунных ответ.
Целью данного проекта являлось научиться определять иммуногенные последовательности белков без сравнения с базой данных.
В проекте был использован алгоритм обучения с учителем Support Vector Machine, а именно вариант с Radial basis function kernel. Метод применялся на данных о найденных экспериментально эпитопах MHCII из базы данных IEDB.