Aurelia aurita: поиск новых генов

Aurelia aurita – модель ддя изучения молекулярной регуляции сложного жизненного цикла. Этот вид также стал объектом геномного исследования благодаря взаимному интересу Лаборатории им. Добржанского и Кафедры зоологии беспозвоночных (СПбГУ). Летом 2013 года были получены первые результаты секвенирования на Illuimna MiSeq. Исходно задачей осенней работы был поиск новых генов в этом геноме. Однако, основное внимание в итоге было уделено поиску оптимального способа сборки генома. По техническим и методическим причинам качество исходных ридов и покрытие оказались невысокими. На первом этапе проводилась очистка ридов. Далее на полученных данных был протестирован ряд программ-сборщиков, в том числе SPADES и IDMA. Перед использованием IDMA данные были нормализованы (объём уменьшился на 54%).

По результатм оценки сборок с помощью QUAST сборка IDMA оказалась лучше. Для скэффолдинга была испробована программа L_RNA_scaffolder, поскольку транскриптом изучаемого вида доступен из предшествующих исследований. После скэффолдинга показатели качества сборки CEGMA существенно выросли (процент полностью/частично обнаруженных генов 17,7/36,7 после IDMA и 29,8/53,6 после L_RNA_scaffolder). Тем не менее, качество сборки остаётся достаточно низким. В отношении собственно поиска генов был предпринят ряд предварительных шагов (выбор стратегий, пробные запуски программ), но о существенном результате пока говорить рано. Для завершения этой работы планируется провести более глубокое секвенирование, привлечение оптических карт и секвенирования третьего поколения (nanoball sequencing by Complete Genomics).