Hmmer on GPU

В проекте планировалось разработать новую open source версию Hmmer, которая будет работать на GPU. В задачи проекта входили: изучение предметной области, разбор алгоритмов, используемых в Hmmer, адаптация алгоритмов к работе на GPU, реализация работы алгоритмов на GPU. При работе с GPU следует учитывать специфичность работы ядер этого устройства, а так же маленький размер памяти. Программный пакет Hmmer состоит из нескольких модулей, которые могут работать независимо друг от друга. Было решено на первом этапе разработки ускорить только один модуль - hmmalign, в случае успешной работы планируется ускорить и остальные части программного пакета Hmmer.