CpG islands

Антон Брагин:

Проект направлен на поиск CpG islangs (CGI) - областей генома, в которых повышена доля динуклеотидов CpG, - в геноме гепарда (Acinonyx jubatus). Несмотря на то, что CGI известны достаточно давно и для многих видов показана связь этих участков с регуляцией генной экспрессии и дифференциально-метилированными регионами (DMR), универсального определения, позволяющего осуществлять поиск CGI, не существует. В работе предпринята попытка осуществить поиск CGI у гепарда с использованием скрытых марковских моделей (HMM) и сравнить результаты с таковыми, получаемыми при использовании определения, данного Gardiner-Garden и Frommer в классической работе по данной теме.

Игорь Гайдай:

Реализована программа, позволяющая по виду генома предсказывать положение CpG islangs. Программа может обучаться на образцах CpG islangs и не CpG islangs и, таким образом, автоматически корректировать свои параметры для работы с новым видом.