Моделирование межвидового барьера для передачи приона с точки зрения структуры соответствующих белковых агрегатов

Для некоторых белков помимо нативной конформации известны их прионные изоформы. Принимая такую структуру, белок начинает индуцировать сходные изменения в конформации таких же белков, присутствующих в клетке. В большинстве случаев это приводит к появлению амилоидных агрегатов, для которых характерно большое количество β-стуктур, а также термо- и протеазоустойчивость. Впервые прионы были найдены у человека и млекопитающих как инфекционные агенты, вызывающие неизлечимые заболевания. Позднее их обнаружили и у низших эукариот, для которых они в большинстве случаев оказались безвредны. Инфекционность прионов проявляется в их способности довольно свободно передаваться от одного организма к другому, но этот процесс происходит менее эффективно, если речь идет о разных организмах, пусть и близкородственных видов. В литературе это явление получило название межвидового барьера для передачи приона. Несмотря на продолжительную историю его изучения, конкретные молекулярные механизмы все еще изучены слабо. Мы предположили, что в основе межвидового барьера может лежать неспособность одного белка копировать структуру другого в прионной конформации. Представленный проект был направлен на моделирование потенциальных амилоидных структур для изучаемых белков и их последующее сравнение. Базовым инструментом для этого стала программа ArchCandy, которая предсказывает элементарные структуры белков в составе амилоидных агрегатов.