Поиск сайтов, связанных с рибонуклеазонной активностью альфа-субъедениц протеасомного кора

Протеасома — мультисубъединичный белковый комплекс, осуществляющий деградацию поврежденных и/или более ненужных белков эндогенного происхождения. В результате экспериментальных исследований были получены подтверждения о наличии РНКазной активности у некоторых протеасомных субъединиц (протеасомы растений и животных). Субъединицы проявляют разнообразную активность: особое внимание уделяют протеолитической (химотрипсин-, трипсин- и каспазоподобной), ААА-АТФазной, а также взаимодействиям с регуляторными и сигнальными белками и полипептидами.

Целью проекта является определение участков субъединиц 20S протеасомы, имеющих отношение к проявлению РНКазной активности. Было исследовано структурно-функциональное соответствие субъединицы альфа-5 протеасомного кора и известных РНКаз, а также проведено моделирование по полученным данным. В результате проведенного анализа (линейный поиск соответствия последовательностей и 3D выравнивание) не удалось получить однозначных данных о присутствии в альфа-1 субъединице мотива, функционально обуславливающего эндорибонуклеазную активность данного белка. Вероятнее всего это является следствием значительной структурной гетерогенности клеточных белков, проявляющих способность расщеплять молекулы РНК. Это говорит о необходимости дальнейших исследований и разработки иного подхода для решения поставленной задачи. Однако, были найдены РНК-связывающие мотивы в субъединице альфа-1 протеасомного кора, что говорит в пользу гипотезы о возможном участии протеасом в метаболизме РНК.