Поиск генов, ответственных за адаптацию к подземному образу жизни у грызунов

В связи со стабильностью подземной среды и сходным, весьма специфичным, набором ее условий, представители подземных грызунов из разных систематических групп выработали сходный набор адаптаций. В первую очередь, когти и/или зубы животных видоизменились в удобные приспособления для рытья, произошло снижение роли зрения и обострение других чувств: слуха, обоняния и осязания. Коме того, у подземных грызунов произошла значительная перестройка поведения и метаболизма. Естественно, что такие комплексные перестройки организма должны быть отражены на молекулярном уровне. В связи со схожим набором адаптаций у подземных грызунов из разных систематических групп можно предположить, что эти адаптации обеспечиваются изменениями в сходном наборе генов. Известно, что мутации могут накапливаться по геному не равномерно, а в определенных местах. Места с повышенной концентрацией мутаций называются «горячими точками». Вполне вероятно, что гены, находящиеся в таких местах и, соответственно, подвергшиеся большим изменениям, могут играть роль в процессах адаптации.

Цель проекта - сравнение координат «горячих точек» мутаций у грызунов с разными образами жизни и выявление генов, которые находятся в этих местах. 

Была проанализирована база NCBI на предмет транскриптомов грызунов с разным образом жизни, для последующего сравнения были найдены транскриптомы представителей подземных и наземных видов. Найденные транскриптомы грызунов были выравнены на геном мыши. После этого проводилось сравнение координат SNP и сравнение их наибольшей плотности у подземных и наземных видов. В точках, где плотность SNP у подземных видов была значительно выше, производилась функциональная аннотация генов.