Мультигенная филогения микроспоридий
Микроспоридии ― уникальная группа одноклеточных эукариот. Микроспоридии имеют большое теоретическое (как модель предельно допустимой для эукариот минимизации клетки и генома) и практическое значение (как возбудители заболеваний вредителей сельского и лесного хозяйства, промысловых и культивируемых видов животных, а также человека).
Работы по молекулярной диагностике, идентификации и филогении микроспоридий в основной своей массе опираются на анализ сиквенсов гена рибосомальной РНК, использование которых имеет ряд существенных ограничений. В том числе в данной работе было показано, что оно может вступать в противоречие с эволюционными реконструкциями, построенными с использованием геномных данных.
Для дифференциации близкородственных видов и внутривидовых форм, в том числе локальных микропопуляций паразитов, все большее распространение приобретает мультилокусное генотипирование с привлечением различных белок-кодирующих генов.
Основной целью данного проекта является разработка метода мультилокусного генотипирования для точной идентификации видовой принадлежности микроспоридий и сравнения близкородственных форм.
Конкретные задачи:
1. Выбрать наиболее перспективные локусы, подходящие для генотипирования микроспоридий из разных филогенетических групп;
3. Для каждой филогенетической группы микроспоридий создать диагностические наборы праймеров;
4. Провести экспериментальную апробацию разработанных праймеров;
5. Получить нуклеотидные последовательности маркеров, к которым подбирались праймеры;
6. Построить филогению определенных внутривидовых форм микроспоридий.
На данный момент разработан ряд специфичных праймеров к таких генам-маркерам как: большая субъединица РНК-полимеразы II ( RPB 1), белок теплового шока ( Hsp 70), актин, альфа- и бета-тубулин, фактор элонгации Ef1a.
Получены последовательности соответствующих генов для некоторых представителей микроспоридий.
На примере микроспоридий вида Loma acerinae из разных видов бычков показано, что ген RPB 1 действительно является перспективным маркером для различения внутривидовых форм.
В дальнейшем планируется расширить набор имеющихся последовательностей генов-маркеров для большего количества родов и видов.