Полулокальное и локальное выравнивание последовательностей

Во вторник, 27 сентября, в 19:00 Александр Тискин, University of Warwick, выступил в Институте биоинформатики с открытой лекцией на тему: «Полулокальное и локальное выравнивание последовательностей».

Вычисление наибольшей общей подпоследовательности (longest common subsequence, LCS) двух строк — одна из классических алгоритмических задач, имеющая широкое применение как в информатике, так и в вычислительной биологии, где она известна как «глобальное выравнивание последовательностей». Во многих приложениях необходимо обобщение этой задачи, которое мы называем вычислением полулокальной LCS (semi-local LCS), или «полулокальным выравниванием». В этом случае требуется вычислить LCS между строкой и всеми подстроками другой строки, и/или между всеми префиксами одной строки и всеми суффиксами другой. Помимо важной роли этой обобщенной задачи в строковых алгоритмах, у нее обнаруживаются неожиданные связи с алгеброй полугрупп и вычислительной геометрией, с сетями сравнений (comparison networks), а также практические применения в вычислительной биологии. Кроме того, задача вычисления полулокальной LCS может использоваться в качестве гибкого и эффективного подхода к точному локальному выравниванию биологических последовательностей.

Рабочий язык — русский. Участие бесплатное.
 
Место проведения: Санкт-Петербург, ул. Кантемировская, д. 2, БЦ "Таймс", 4 этаж.