Анализ данных Next Generation Sequencing, осень 2012
Курс: Next Generation Sequencing.
Преподаватель: Андрей Пржибельский.
Даты: Oct 2012 — Dec 2012.
Курс состоит из лекций и практических домашних заданий. На лекциях студенты узнают о более специфичных алгоритмах, которые используются в современных биоинформатических программах, и которые не включены в базовый курс “Алгоритмы в биоинформатике”. В рамках домашних заданий студенты должны научиться работать с биоинформатичеким ПО, а также писать собственные скрипты для анализа данных.
| # | Лекции и файлы | Дата и время |
|---|---|---|
| 1 |
Введение в анализ NGS Введение в современное секвенирование; краткая история секвенирования; форматы данных и платформы секвенирования; простейшие скрипты для анализа данных; технические детали: работа на сервере через SSH, python, scp.  ngs_1_2.pdf |
6 Oct 2012 - 16:00 to 17:30 |
| 2 |
Выравнивание коротких ридов. Bowtie Преобразование Барроуза-Вилера и его применение в задаче выравнивания коротких ридов; анализ данных Illumina с помощью Bowtie. ngs_2.pdf |
20 Oct 2012 - 14:00 to 16:30 |
| 3 |
Выравнивание длинных ридов. BWA, Tablet BWA-SW. Выравнивание длинных ридов с заменами, удалениями и вставками; анализ данных Roche 454 с помощью BWA-SW. ngs_3_0.pdf |
3 Nov 2012 - 15:00 to 17:30 |
| 4 |
Исправление ошибок, Quake Типичные ошибки секвенирования платформы Illumina; исправление ошибок по покрытию и значениям качества нуклеотидов. ngs_4.pdf |
17 Nov 2012 - 15:00 to 17:30 |
| 5 |
Сборка геномов, граф де Брюйна Сборка геномов “с нуля”; ассемблер Velvet. Граф де Брюйна в сборке полного генома из коротких ридов, устранения ошибок в графе; разрешение геномных повторов. ngs_5_0.pdf |
1 Dec 2012 - 15:00 to 17:30 |
| 6 |
Оценка качества сборки, NCBI Выравнивание контигов; оценка их качества; определение примесей в сборке; архив данных NCBI. ngs_6.pdf |
8 Dec 2012 - 15:00 to 17:30 |
| 7 |
Различные применения секвенирования Метагеномика; секвенирование генома единичной клетки; секвенирование РНК; сборка трансриптома “с нуля” и по существующему референсному геному; экспрессия генов и альтернативный сплайсинг. ngs_7.pdf |
15 Dec 2012 - 15:00 to 17:30 |