Алгоритмы в биоинформатике
Курс: Алгоритмы в биоинформатике.
Преподаватель: Николай Вяххи.
Даты: Nov 2010 — May 2011.
Введение в алгоритмы в биоинформатике.
Программа (40-50 часов):
- DNA Mapping
- Brute Force Motif Searching
- Genome Rearrangements
- Edit Distance
- Alignment
- Multiple Alignment
- RNA
- Statistical methods for gene prediction
- Similarity-based methods for gene prediction
- Linear Space Alignment
- Graphs and DNA Sequencing
- Mass Spectrometry and Proteomics
- Combinatorial Pattern Matching
- Clustering
- Molecular evolution
- Hidden Markov Models
- Randomized Algorithms
Итоговая аттестация
Экзамен состоял из двух теоретических вопросов (список вопросов = список тем выше). Если Вы решили задачу (см. ниже), то она заменяет один теоретический вопрос. Если Вы решили задачу лучше остальных, то она заменяет два теоретических вопроса.
Задача для экзамена. Краткое описание: необходимо найти продолжительные регионы в хромосоме, между которыми велика разница в распределениях динуклеотидов и кодонов. Максимизируется сумма расстояний между соседними регионами и пенализируется количество таких регионов 2-m.
Литература:
- An Introduction to Bioinformatics Algorithms. Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner. MIT Press. 2004.
- Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach. Pavel A. Pevzner. MIT Press. 2000.
- Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology (есть на русском). Daniel M. Gusfield. Cambridge University Press, 1997.
Учебные материалы (презентации, условия задач и др.) любезно предоставлены Павлом Певзнером (bioalgorithms.info).
