Научные проекты

Каждый студент Института биоинформатики во время обучения занимается несколькими научно-исследовательскими проектами. 

Проект подразумевает еженедельные встречи с руководителем, а также 5-10 часов в неделю самостоятельной работы.

Руководят научными проектами ведущие специалисты из научных лабораторий и компаний в Санкт-Петербурге, работающих в области биоинформатики и биотехнологий: лаборатория алгоритмической биологии СПбАУ РАНJetBrains, Parseq LabEMC2Биокад и другие. Ряд проектов курируют иностранные специалисты (UCSDThe George Washington University, Biodatomics). 

Если у вашей лаборатории или компании есть интересные задачи по биоинформатике для студентов пишите нам.

Примеры проектов: разработка алгоритмов хранения и обработки последовательностей, базы данных последовательностей, программы анализа сигнальных путей, моделирование структур белков и другие практические и теоретические задачи в биоинформатике.

Начало: Jun 2017
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Analyzing strain mixtures in metagenomic series data Jun 2017 Sep 2017 Маргарита Аксешина Сергей Нурк
Automatic visualization of metabolic modules Jun 2017 Sep 2017 Анастасия Гайнуллина Алексей Сергушичев
Developing automatic named entity recognition tools for text mining in biological and chemical corpora Jun 2017 Sep 2017 Максим Холматов Илья Корвиго
Development of Non-Invasive Prenatal Testing (NIPT) analysis pipeline Jun 2017 Sep 2017 Полина Козюлина Андрей Глотов
MetaCherchant 2.0 Jun 2017 Sep 2017 Мария Атаманова Владимир Ульянцев
PhyloSAT 2.0 Jun 2017 Sep 2017 Константин Чухарев Владимир Ульянцев
Pipeline for automated choice of Pipeline for automated choice of Pipeline for automated choice of Pipeline for automated choice of Pipeline for automated choice of Pipeline for automated choice of Pipeline for automated choice of Pipeline for automated c Jun 2017 Sep 2017 Юлия Кондратенко Антон Коробейников
Predicting vital protein features Jun 2017 Sep 2017 Иван Ревегук Андрей Афанасьев
Reconstruction of clonal lineages for highly hypermutated repertoires Jun 2017 Sep 2017 Мария Черниговская Андрей Слабодкин
Яна Сафонова
Автоматизация процесса вывода совместной демографической истории нескольких популяций из сайт- частотного спектра Jun 2017 Sep 2017 Екатерина Носкова Владимир Ульянцев
Павел Добрынин
Графическое приложение для дизайна клинического исследования Jun 2017 Sep 2017 Иван Павлов
Михаил Папков
Мария Владовская
Исследование поверхности потенциальной энергии молекул. Поиск переходных состояний Jun 2017 Sep 2017 Георгий Новиков Михаил Рязанцев
Распознавание жестов для бионического протеза кисти с помощью ЭМГ датчиков Jun 2017 Sep 2017 Иван Сосин Федор Кубышкин
Рассмотрение ВИЧ в контексте аутореактивности методом сравнительного анализа с СКВ Jun 2017 Sep 2017 Владислав Мыров
Оксана Айзсилниекс
Дмитрий Лиознов
Средство для сравнительного анализа результатов экспериментов ChIP-seq Jun 2017 Sep 2017 Евгений Бакин Олег Шпынов
Начало: Feb 2017
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
A scaled hypersphere search method for the topography of reaction pathways on the potential energy surface Feb 2017 Jun 2017 Георгий Новиков Михаил Рязанцев
Antibody repertoire construction from Ion Torrent reads Feb 2017 Jun 2017 Константин Чухарев Антон Банкевич
Applying cancer subpopulations analysis methods to metagenomic series Feb 2017 Jun 2017 Маргарита Аксешина
Мария Черниговская
Сергей Нурк
Applying deep-learning techniques to identification of pathogenic amino acid substitutions by means of Recurrent Neural Networks Feb 2017 Jun 2017 Иван Сосин Андрей Афанасьев
Clinical Somatic Mutant Caller: detection of clinically relevant somatic mutations in NGS data. Feb 2017 Jun 2017 Полина Козюлина Максим Иванов
Deep learning in protein anomalies Feb 2017 Jun 2017 Иван Ревегук Андрей Афанасьев
Development and improvement search strategies in the GeneQuery system Feb 2017 Jun 2017 Лаврентий Данилов
Родион Сахабеев
Александр Предеус
Graphical application for clinical trial design in oncohematology Feb 2017 Jun 2017 Иван Павлов
Михаил Папков
Мария Владовская
Hardware-effective Tool for Genome Mappability Score Estimation Feb 2017 Jun 2017 Евгений Бакин
Наталья Зорина
Александр Предеус
Human genome variations analysis — 2 Feb 2017 Jun 2017 Анастасия Гайнуллина
Диана Кондинская
Екатерина Купряшова
Геннадий Захаров
Improving NLP in molecular biology Feb 2017 Jun 2017 Анатолий Зайковский
Максим Холматов
Илья Корвиго
Intestinal microbiota in health and disease Feb 2017 Jun 2017 Петр Козырев Алла Лапидус
Pipeline for target sequencing analysis Feb 2017 Jun 2017 Александр Слепченков
Response of the cells with suppressed chromatin repression system to osmotic stress Feb 2017 Jun 2017 Полина Липаева Юлия Медведева
Searching for RNA polymerase II promoter regions responsible for transcription on lampbrush chromosomes in chicken (Gallus gallus) Feb 2017 Jun 2017 Дарья Алешкина Алсу Сайфитдинова
Statistical analysis of neural spike trains for estimation of functional differences in subcortical structures of human brain Feb 2017 Jun 2017 Владислав Мыров
Study of structure responsible for biofilm formation and quorum-sensing genes in Vibrio cholerae isolated at the Far East of Russia Feb 2017 Jun 2017 Екатерина Носкова
Text-mining based retrieving of omics pipelines Feb 2017 Jun 2017 Юлия Кондратенко
The optimization of de novo transcriptome assembly strategies Feb 2017 Jun 2017 Максим А. Нестеренко
Пётр Кусакин
Александр Предеус
Time course data enrichment analysis Feb 2017 Jun 2017 Валерия Богданова
Оксана Айзсилниекс
Алексей Сергушичев
TwoPaCo for fragmented genomes Feb 2017 Jun 2017 Мария Атаманова Илья Минкин
Начало: Sep 2016
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Enhancement of 5-mer based statistical models for SHMs targeting and substitution from Rep-seq data Sep 2016 Dec 2016 Оксана Айзсилниекс Андрей Бзикадзе
Estimate Library Complexity Optimization Sep 2016 Dec 2016 Анатолий Свичкарев Заал Льянов
Finding ancestry informative markers Sep 2016 Dec 2016 Юлия Кондратенко Татьяна Татаринова
Integration Time Estimation of Endogenous Retroviruses Sep 2016 Dec 2016 Анатолий Зайковский
Константин Чухарев
Павел Добрынин
Joint analysis of Rep-seq and mass spectra data Sep 2016 Dec 2016 Екатерина Носкова Яна Сафонова
MultiBioNet Sep 2016 Dec 2016 Евгений Бакин
Маргарита Аксёшина
Михаил Папков
Раиль Сулейманов
Елена Сюгис
MultiBioNet Sep 2016 Dec 2016 Евгений Бакин
Маргарита Аксешина
Михаил Папков
Раиль Сулейманов
Елена Сюгис
NGS в HLA-типировании Sep 2016 Dec 2016 Екатерина Купряшова Александр Предеус
Автоматический анализ ошибок сборки SPAdes Sep 2016 Dec 2016 Андрей Колесниченко Юрий Горшков
Анализ геномных вариаций человека Sep 2016 Dec 2016 Александр Слепченков
Лаврентий Данилов
Петр Козырев
Полина Липаева
Вариация в свете функции Sep 2016 Dec 2016 Алевтина Корешова
Диана Кондинская
Иван Ревегук
Илья Корвиго
Имплементация определителя широких пиков ChIP-seq на базе алгоритма SICER, и валидация его работы на расширенном наборе экспериментальных данных Sep 2016 Dec 2016 Игорь Бездворных Александр Предеус
Использование неравномерности покрытия бактерий в фазе роста для разрешения повторов при сборке de novo Sep 2016 Dec 2016 Максим Н. Нестеренко Дмитрий Антипов
Исследование транскриптома человека в норме и при патологиях Sep 2016 Dec 2016 Максим А. Нестеренко Александр Предеус
Классификация микрофотографий гистологических препаратов при помощи свёрточных нейронных сетей Sep 2016 Dec 2016 Анастасия Гайнуллина Алексей Шпильман
Локальное выравнивание последовательностей с использованием параллелизма Sep 2016 Dec 2016 Владислав Мыров Александр Тискин
Моделирование внутриклеточного броуновского движения Sep 2016 Dec 2016 Георгий Новиков Алексей Шпильман
Повышение качества репертуаров антител, построенных из баркодированных данных Sep 2016 Dec 2016 Мария Черниговская
Поиск генов в LTR-повторах Sep 2016 Dec 2016 Дарья Алешкина
Мария Атаманова
Павел Добрынин
Поиск генов, кодирующих ферменты лигноцеллюлозo-деградирующего комплекса, в геноме гриба Scytalidium sp. Sep 2016 Dec 2016 Артем Каргалов
Иван Павлов
Пётр Кусакин
Анна Кульминская
Поиск молекулярных основ дифференциальной окраски хромосом Sep 2016 Dec 2016 Дарья Зенкова Александр Предеус
Юрий Барбитов
Поиск новых V/J генов в данных полногеномного секвенирования Sep 2016 Dec 2016 Иван Сосин Александр Шлемов
Тимофей Проданов
Разработка алгоритма деконволюции экспериментов РНК-сек для определения содержания иммунных клеток в образцах раковых опухолей Sep 2016 Dec 2016 Максим Холматов
Полина Козюлина
Александр Предеус
Разработка и улучшение поисковых стратегий в системе GeneQuery Sep 2016 Dec 2016 Валерия Богданова
Елена Плеханова
Александр Предеус
Сравнение RepeatMasker и LTR повторов в геноме Sep 2016 Dec 2016 Владимир Копать Павел Добрынин
Сравнение программ RepeatMasker и LTRharvest Sep 2016 Dec 2016 Любовь Крайнова Павел Добрынин
Сравнительный анализ штаммов вируса клещевого энцефалита, выделенных в 60-е годы прошлого века и в современный период на территории Прибайкалья и Забайкалья Sep 2016 Dec 2016 Родион Сахабеев Ренат Адельшин
Среднеразмерный эукариотический геном (полихета Alitta virens): Оценка качества ридов после полногеномного секвенирования на платформе Illumina Sep 2016 Dec 2016 Наталья Зорина Милана Кулакова
Начало: Sep 2016
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Поиск мотивов, влияющих на вероятность продолжения клональнойлинии В-лимфоцитов Sep 2016 Nov 2016 Артём Исмагилов Яна Сафонова
Начало: Jun 2016
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Algorithms for TSLR assembly Jun 2016 Sep 2016 Иван Толстоганов Антон Банкевич
Analysis of immune response dynamics using Rep-seq data Jun 2016 Sep 2016 Андрей Слабодкин Яна Сафонова
Application of SILAC data in antibiotic discovery Jun 2016 Sep 2016 Сергей Чернов Алексей Гуревич
De novo detection of Ig germline segments using Rep-seq data Jun 2016 Sep 2016 Тимофей Проданов Яна Сафонова
Drug synergy prediction based on transcriptomic signatures Jun 2016 Sep 2016 Юрий Барбитов Максим Артемов
Epigenetic regulation of adipocyte differentiation Jun 2016 Sep 2016 Дмитрий Смирнов Рената Дмитриева
Implementation of GPS-L as Python package Jun 2016 Sep 2016 Иван Дмитриевский Татьяна Татаринова
SICER (?) 2 Jun 2016 Sep 2016 Игорь Бездворных Александр Предеус
Оптимизация программного кода алгоритма быстрого поиска похожих образцов в метагеномных базах данных Jun 2016 Sep 2016 Николай Ромащенко Евгений Андронов
Начало: Feb 2016
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Сравнительный анализ методов предсказания сайтов редактирования РНК в транскриптоме Feb 2016 Sep 2016 Ирина Щукина Александр Канапин
Анастасия Самсонова
Начало: Feb 2016
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
A comprehensive comparison of tools for differential ChIP-seq analysis Feb 2016 May 2016 Сергей Чернов Олег Шпынов
Assessing Significance of Peptide Spectrum Match Scores Feb 2016 May 2016 Анастасия Абрамова Антон Коробейников
Comparative analysis of neuroblastoma: DNA methylation and histone modifications Feb 2016 May 2016 Эрик Живкопляс Юлия Медведева
Finding structural motifs in Natural Products Feb 2016 May 2016 Денис Коноплев Алексей Гуревич
Optimization of spectral network parameters Feb 2016 May 2016 Андрей Слабодкин Алексей Гуревич
Primer Trimming for Targeted Resequencing Feb 2016 May 2016 Тимофей Проданов Максим Иванов
Repeat resolution using 10xGenomics data Feb 2016 May 2016 Иван Толстоганов Антон Банкевич
Search for functional NF-kB binding sites via meta-analysis of NGS experiments in human cell lines Feb 2016 May 2016 Николай Панюшев Александр Предеус
Transposable Elements Atlas Feb 2016 May 2016 Игорь Бездворных Son Pham
Автоматизации тестирования инструментов множественного выравнивания последовательностей в среде KNIME. Feb 2016 May 2016 Александра Захарова
Александра Пантелеева
Олег Яснев
Анализ данных полноэкзомного секвенирования Feb 2016 May 2016 Юрий Барбитов Андрей Глотов
Анализ репродуктивной структуры природных популяций нивальных миксомицетов Physarum albescens и Lepidoderma chailletii по трем генетическим Feb 2016 May 2016 Олег Щепин Александр Родионов
Быстрая индексация метагеномов Feb 2016 May 2016 Николай Ромащенко Евгений Андронов
Гомологическое моделирование канала ASIC3 (rat) по рентгеновской структуре канала ASIC1a (chicken) Feb 2016 May 2016 Анастасия Коростелева Вячеслав Коркош
Исследование паттерна фрагментации свободной циркулирующей ДНК для анализа профилей экспрессии генов Feb 2016 May 2016 Марина Слащева Максим Иванов
Мета-анализ экспрессии генов в жировой ткани человека Feb 2016 May 2016 Дмитрий Смирнов Александр Предеус
Моделирование межвидового барьера для передачи приона с точки зрения структуры соответствующих белковых агрегатов Feb 2016 May 2016 Нина Трубицина Станислав Бондарев
Поиск генов, ответственных за адаптацию к подземному образу жизни у грызунов Feb 2016 May 2016 Раиса Четверикова Ольга Бондарева
Поиск консервативных аминокислотных остатков для белков GroEL и CroES Feb 2016 May 2016 Екатерина Скоморохова Оксана Галзитская
Поиск новых мутаций и неаннотированных V, D, J генных сегментов в репертуаре антител Feb 2016 May 2016 Валерия Караваева Яна Сафонова
Поиск сайтов, связанных с рибонуклеазонной активностью альфа-субъедениц протеасомного кора Feb 2016 May 2016 Валерия Кузык Светлана Тарновская
Разработка алгоритма предсказания локального происхождения Feb 2016 May 2016 Иван Дмитриевский Татьяна Татаринова
Сравнение ортологов субстратов GroE E. coli в организмах с и без GroE Feb 2016 May 2016 Марина Парр Дмитрий Фришман
Сравнительный анализ программ, восcтанавливающих предковые геномы Feb 2016 May 2016 Елизавета Савочкина
Станислав Козлов
Павел Авдеев
Эволюция вируса бешенства на азиатской территории России и сопредельных стран Feb 2016 May 2016 Евгений Толстыко Ренат Адельшин
Начало: Sep 2015
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
100 геномов Бронзового века Sep 2015 Dec 2015 Тимофей Проданов Антон Афанасьев
Antibiotic Sequencing Sep 2015 Dec 2015 Николай Капралов Алексей Гуревич
De Bruijn graph simplification based on perfect hashing Sep 2015 Dec 2015 Сергей Чернов Антон Банкевич
GeneQuery - веб-сервер для генерации биологических гипотез на основании транскрипции Sep 2015 Dec 2015 Юрий Барбитов Александр Предеус
Machine learning in disease sub-network discovery Sep 2015 Dec 2015 Богдан Кириллов Son Pham
RNA-Sequencing analysis Sep 2015 Dec 2015 Ирина Щукина Son Pham
Анализ ошибок амплификации в данных иммуносеквенирования Sep 2015 Dec 2015 Денис Коноплев Яна Сафонова
Изучение изменения экспрессии генов при дифференцировке нейронов Sep 2015 Dec 2015 Дмитрий Смирнов Юлия Медведева
Изучение распределения ДНК древних людей в современных геномах Sep 2015 Dec 2015 Андрей Нестеров
Нина Трубицина
Александр Ракитько
Интеграция открытой метаболической баз данных в пайплайн для совместного анализа метаболических и транскрипционных данных Sep 2015 Dec 2015 Алексей Афонин
Наталия Алиева
Алексей Сергушичев
Локальное выравнивание последовательностей с использованием внутрипроцессорного параллелизма Sep 2015 Dec 2015 Николай Ромащенко Александр Тискин
Нахождение оптимального клеточного базиса для сборки транскриптома Sep 2015 Dec 2015 Эрик Живкопляс Александр Предеус
Определение родственных связей по данным генотипирования Sep 2015 Dec 2015 Анастасия Абрамова Александр Ракитько
Оценка «скрытого разнообразия» высших грибов и миксомицетов в почвах уязвимых природных экосистем Sep 2015 Dec 2015 Даниил Азаров
Олег Щепин
Михаил Райко
Оценка рецептивности эндометрия по изменению транскрипционного профиля Sep 2015 Dec 2015 Роман Васильев Влад Савельев
Перетасовка экзонов в геномах дрожжей: ошибка сборки или биологическая реальность Sep 2015 Dec 2015 Дмитрий Раменский Олег Тарасов
Полина Дроздова
Поиск генов относящихся к MHC региону Sep 2015 Dec 2015 Александра Захарова
Александра Пантелеева
Кирилл Васильев
Павел Добрынин
Поиск и характеристика районов локализации тандемного повтора (GGAAA)n в геноме курицы Sep 2015 Dec 2015 Раиса Четверикова Алсу Сайфитдинова
Поиск консервативных аминокислотных остатков для белков GroEL и CroES Sep 2015 Dec 2015 Александр Шенфельд Оксана Галзитская
Поиск партнеров по взаимодействию для Абата пептидов Sep 2015 Dec 2015 Валерия Кузык
Станислав Козлов
Оксана Галзитская
Построение репертуара антител на основе данных иммуносеквенирования Sep 2015 Dec 2015 Андрей Слабодкин Яна Сафонова
Предсказание вторичной структуры белка методами Deep Learning Sep 2015 Dec 2015 Валерия Караваева Иван Дрокин
Разработка R-пакета для деконволюции типов клеток по данным экспрессии Sep 2015 Dec 2015 Анастасия Коростелева Александр Предеус
Разработка R-пакета для деконволюции типов клеток по данным экспрессии Sep 2015 Dec 2015 Марина Слащева Александр Предеус
Сегментация результатов MALDI-спектрометрии Sep 2015 Dec 2015 Иван Толстоганов Сергей Николенко
Скаффолдинг на основе генов/экзонов Sep 2015 Dec 2015 Евгений Толстыко
Игорь Бездворных
Павел Добрынин
Сравнительный анализ качественных характеристик секвенирования экзомных библиотек (Illumina, Roche, Agilent) Sep 2015 Dec 2015 Марина Парр
Николай Панюшев
Андрей Глотов
Улучшение бининга контигов в метагеномных сборках с использованием графа сборки Sep 2015 Dec 2015 Иван Дмитриевский Сергей Нурк
Эпигенетические регуляторы при дифференцировке нейронов Sep 2015 Dec 2015 Екатерина Скоморохова Юлия Медведева
Начало: Sep 2015
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
ClusDec: де-ново деконволюция клеточных типов из данных транскрипции без использования клеточных подписей. Sep 2015 Sep 2015 Александр Предеус
GeneQuery - веб-сервер для генерации биологических гипотез на основании транскрипции. Sep 2015 Sep 2015
Начало: Jun 2015
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Co-Assembly of Genomes from Multiple Single Cells Jun 2015 Sep 2015 Вера Бушманова Антон Банкевич
Integrated analysis of high-throughput profiling of virus-host interactions Jun 2015 Sep 2015 Екатерина Эсаулова Максим Артемов
Изучение работы скоров-предикторов патогенности мутаций Jun 2015 Sep 2015 Илья Корвиго Василий Ситник
Поиск альтернативы MaxQuant для анализа протеомных данных (масс-спектрометрия без использования метки) Jun 2015 Sep 2015 Полина Дроздова Дарья Бедулина
Начало: Feb 2015
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Эволюция геномов бактерий рода Lactobacillus Feb 2015 Sep 2015 Ольга Бондарева Михаил Гельфанд
Начало: Jun 2015
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
BroadPeaks - ре-имплементация алгоритма SICER для определения пиков в соответствующих экспериментах ChIP-Seq. Jun 2015 Aug 2015 Егор Приказюк Александр Предеус
Начало: Sep 2014
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Адаптация алгоритма множественного выравнивания последовательностей библиотеки SeqAn для работы с глубокими выравниваниями Sep 2014 Jun 2015 Олег Яснев Knut Reinert
Моделирование конформационных изменений структур вариабельных доменов антител Sep 2014 Jun 2015 Тимофей Бондарев Павел Яковлев
Пайплайн для совмещения данных о топологически ассоциированных доменах ДНК с данными о характерных сочетаниях геномных маркеров Sep 2014 Jun 2015 Святослав Сидоров Александр Предеус
Предсказание оксидирования метионина с использованием информации о третичной структуре белка Sep 2014 Jun 2015 Игорь Гайдай Павел Яковлев
Реконструкция филогенетических деревьев на основе данных о перестройках и событиях вставок и удалений генов Sep 2014 Jun 2015 Павел Авдеев Максим Алексеев
Сборка скаффолдов на основе анализа геномных перестроек Sep 2014 Jun 2015 Надия Ситдыкова Максим Алексеев
Начало: Feb 2015
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Анализ встречаемости мутаций в гене ABCA4 на примере болезни Штаргардтав популяции РФ и СНГ Feb 2015 Jun 2015 Егор Приказюк Марианна Иванова
Анализ ошибок в чтениях, полученных в результате секвенирования технологий Ion Torrent Feb 2015 Jun 2015 Екатерина Эсаулова Антон Коробейников
Глубокий анализ ошибок сборки Feb 2015 Jun 2015 Татьяна Кривошеева Сергей Нурк
Мультигенная филогения микроспоридий Feb 2015 Jun 2015 Александра Васильева Юрий Токарев
Объединение моделей аннотации генов и коррекция аннотации Feb 2015 Jun 2015 Полина Дроздова Павел Добрынин
Определение копийности контигов больших геномов Feb 2015 Jun 2015 Вера Бушманова Дмитрий Мелешко
Поиск и анализ κB сайтов в регуляторных последовательностях генов внеклеточных металлопротеиназ Feb 2015 Jun 2015 Екатерина Ломерт Дмитрий Фришман
Поиск консервативных аминокислотных остатков для белка альфа-кристаллина позвоночных Feb 2015 Jun 2015 Никита Шиляев Оксана Галзитская
Продвинутый анализ антител Feb 2015 Jun 2015 Денис Сермухамедов Яна Сафонова
Разработка алгоритмов для анализа палео-геномов Feb 2015 Jun 2015 Пётр Леонтьев Татьяна Татаринова
Разработка ПО для поиска специфических генов в неаннотированных геномах и метагеномах на примере комплекса симбиотических генов азот-фиксаторов Feb 2015 Jun 2015 Илья Корвиго Евгений Андронов
Реконструкция филогенетических деревьев на основе данных о перестройках и событиях вставок и удалений генов Feb 2015 Jun 2015 Никита Карташов Павел Авдеев
Улучшение результатов работы MGRA2 и разработка алгоритма для решения проблемы медианы с событиями вставок и удалений Feb 2015 Jun 2015 Артем Купчинский Павел Авдеев
Начало: Jul 2014
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Анализ поверхности взаимодействия белков и поиск наиболее значительных позиций методом in silico Ala-scan Jul 2014 Jun 2015 Татьяна Малыгина Павел Яковлев
Новый подход для детекции делеций в данных NGS, полученных с использованием мультиплексной ПЦР Jul 2014 Jun 2015 Герман Демидов Антон Брагин
Определение копийности контигов с использованием информации о сборке Jul 2014 Jun 2015 Дмитрий Мелешко Son Pham
Построение и оценка качества репертуаров антител Jul 2014 Jun 2015 Екатерина Старостина Яна Сафонова
Начало: Mar 2015
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Улучшение качества геномных сборок: поиск структурных ошибок и заполнение разрывов в скаффолдах Mar 2015 Jun 2015 Анна Лиознова Son Pham
Начало: Jul 2014
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Mammalian Ragout Jul 2014 Mar 2015 Анна Лиознова Son Pham
Начало: Sep 2014
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Assembly of Large Genomes with High Ploidy Sep 2014 Dec 2014 Екатерина Эсаулова Яна Сафонова
De novo сборка бактериального генома и оценка скаффолдеров Sep 2014 Dec 2014 Александра Васильева Михаил Райко
Hadoop Optimized de Novo Assembler Sep 2014 Dec 2014 Виталий Аксёнов Максим Михеев
Local Sequence Alignment by Using Onchip Parallelism Sep 2014 Dec 2014 Артем Купчинский Александр Тискин
Networks Integration Sep 2014 Dec 2014 Пётр Леонтьев Son Pham
RepeatScout Sep 2014 Dec 2014 Денис Сермухамедов Алексей Комиссаров
Screening Pipeline Construction Application Sep 2014 Dec 2014 Никита Карташов Павел Яковлев
Анализ корреляции между биохимическими свойствами ампликонов и эффективностью амплификации в мультиплексной ПЦР Sep 2014 Dec 2014 Татьяна Кривошеева Антон Брагин
Герман Демидов
Анализ транскриптома клеток, инфицированных вирусом гриппа Sep 2014 Dec 2014 Ярослав Баранов Андрей Васин
Влияние дисперсанта Корексит 9500 на экспрессию генов морских губок Sep 2014 Dec 2014 Елизавета Савочкина
Полина Дроздова
Алексей Комиссаров
Михаил Райко
Идентификация генов семейства nxf в новых геномах Sep 2014 Dec 2014 Екатерина Ломерт Сергей Кливер
Моделирование ПЦР с высокой степенью мультиплексности на основе анализа данных таргетного NGS Sep 2014 Dec 2014 Вера Бушманова Антон Брагин
Герман Демидов
Оценка геномного ассемблера Platanus Sep 2014 Dec 2014 Анна Соловьева
Ольга Бондарева
Алексей Комиссаров
Михаил Райко
Оценка качества работы программы "Ragout" Sep 2014 Dec 2014 Марк Геллер Son Pham
Михаил Колмогоров
Поиск адаптеров в собранных геномах Sep 2014 Dec 2014 Егор Приказюк
Мария Якунина
Алексей Комиссаров
Михаил Райко
Поиск иммуногенных фрагментов на белковых последовательностях Sep 2014 Dec 2014 Дарья Сергеева
Максим Купрашевич
Павел Чуприков
Павел Яковлев
Представление мутаций в виде графа Sep 2014 Dec 2014 Андрей Ершов Максим Михеев
Разработка диагностической системы предрасположенности к клинической депрессии на основе таргетного секвенирования Sep 2014 Dec 2014 Александр Фурменков Алексей Сазанов
Сборка оптических карт: доработка ассемблера и моделирование данных оптического картирования Sep 2014 Dec 2014 Артём Тетюхин
Никита Шиляев
Святослав Сидоров
Свой RepeatMasker Sep 2014 Dec 2014 Илья Корвиго Алексей Комиссаров
Михаил Райко
Семейство генов nxf: тканеспецифичная экспрессия изоформ и идетнификация генов в новых геномах Sep 2014 Dec 2014 Илья Смирнов Сергей Кливер
Начало: Jul 2014
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Analysis of Rearrangements in the Bordetella Bronchiseptica Genomes Jul 2014 Aug 2014 Надия Ситдыкова Son Pham
Comparative Genomics of Caribbean Parrots Amazona sp. Jul 2014 Aug 2014 София Колчанова Павел Добрынин
MGRA Jul 2014 Aug 2014 Павел Авдеев Максим Алексеев
Mini-metagenomes Assembled by SPAdes Jul 2014 Aug 2014 Маргарита Аксёшина Антон Коробейников
rnaQUAST: Quality Assessment Tool for Transcriptome Assemblies Jul 2014 Aug 2014 Елена Бушманова Андрей Пржибельский
Scaffolding and Optical Map Assembly: Testing and Adaptation of Existing Software Jul 2014 Aug 2014 Святослав Сидоров Алексей Комиссаров
Search for Correlation of Socioeconomic Status and Methylation Profiles Jul 2014 Aug 2014 Кирилл Григорьев Павел Добрынин
Strategies for the Development of Panels of Genetic Markers for Human Identification Jul 2014 Aug 2014 Надежда Пильщикова
Олег Яснев
Александр Павлов
Антон Брагин
Автоматизация подготовки гомологического фолдинга Jul 2014 Aug 2014 Тимофей Бондарев Павел Яковлев
Идентификация мутации csa у дрожжей Saccharomyces cerevisiae, необходимой для фенотипического проявления приона [NSI+] на основе имеющихся данных геномного секвенирования Jul 2014 Aug 2014 Сергей Кливер Алсу Сайфитдинова
Использование графов для работы с VCF-файлами Jul 2014 Aug 2014 Игорь Гайдай Максим Михеев
Поиск ретротранспозонов в больших последовательностях Jul 2014 Aug 2014 Ольга Шульга Павел Добрынин
Секвенирование, сборка и аннотация SNP у штаммов Saccharomyces cerevisiae Петергофской генетической коллекции Jul 2014 Aug 2014 Элина Радченко Павел Добрынин
Начало: Sep 2013
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Ragout – a Tool for Assisted Assembly Using Multiple References Sep 2013 Jun 2014 Михаил Колмогоров Son Pham
Аннотирование и гуманизация последовательностей вариабельных доменов иммуноглобулинов Sep 2013 Jun 2014 Павел Яковлев Александр Карабельский
Моделирование данных бисульфитного секвенирования Sep 2013 Jun 2014 Сергей Лебедев Олег Шпынов
Начало: Feb 2014
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Hmmer on GPU Feb 2014 May 2014 Ольга Шульга Максим Михеев
Polymorphism Analysis in Diploid Genomes Feb 2014 May 2014 Екатерина Старостина Антон Банкевич
Яна Сафонова
Ragout - de Bruijn Graph in Reference-Assisted Assembly Feb 2014 May 2014 Павел Авдеев Михаил Колмогоров
VCF File Storage Feb 2014 May 2014 Игорь Гайдай Максим Михеев
Assembly Scaling Bottlenecks Feb 2014 May 2014 Татьяна Малыгина Сергей Нурк
De Novo Assembly Feb 2014 May 2014 Алексей Алеев Максим Михеев
Deep Learning Approach in Genomics Feb 2014 May 2014 Антон Брагин Son Pham
Development of Algorithms for Extension Index Data Structure Feb 2014 May 2014 Анна Малова Антон Банкевич
Haplotype Assembly in dipSPAdes Feb 2014 May 2014 Святослав Сидоров Яна Сафонова
Immunoglobulin folding Feb 2014 May 2014 Маргарита Аксёшина Павел Яковлев
Misassemblies detection without reference Feb 2014 May 2014 Анна Лиознова Алексей Гуревич
Rearrangement-based fragment assembly Feb 2014 May 2014 Надия Ситдыкова Максим Алексеев
Repeat classification in mammalian genomes Feb 2014 May 2014 Дмитрий Мелешко
Олег Яснев
Son Pham
Virtual target screening for KY0211 inhibitor Feb 2014 May 2014 Александр Худяков Елена Федорова
Working with synteny blocks of di erent resolution Feb 2014 May 2014 Герман Демидов Максим Алексеев
Аннотация генов в геноме Cuban-Amazon Feb 2014 May 2014 София Колчанова Павел Добрынин
Естественный отбор и нейтральная эволюция в митохондриальной ДНК различных групп животных Feb 2014 May 2014 Сергей Кливер Андрей Юрченко
Молекулярные аспекты создания лекарственных препаратов Feb 2014 May 2014 Дарья Сергеева Елена Федорова
Оценка качества транскриптомных сборок Feb 2014 May 2014 Елена Бушманова Андрей Пржибельский
Поиск корреляции между метилированием и социальным статусом в геноме человека Feb 2014 May 2014 Кирилл Григорьев Алексей Комиссаров
Павел Добрынин
Поиск молекулярных маркеров и разработка диагностической системы предрасположенности к клинической депрессии на основе ПЦР Feb 2014 May 2014 Ярослав Баранов Алексей Сазанов
Поиск однонуклеотидных полиморфизмов штаммов Mycobacterium tuberculosis, распространенных в различных регионах мира Feb 2014 May 2014 Анна Гончар Екатерина Черняева
Приложение для клинической интерпретации онкоэкзома человека Feb 2014 May 2014 Андрей Шевченко Алла Лапидус
Анна Горбунова
Сборка MHC региона у гепарда Feb 2014 May 2014 Надежда Пильщикова Алексей Комиссаров
Павел Добрынин
Сборка модели центромерного района хищников Feb 2014 May 2014 Николай Кочкин
Олег Магнес
Алексей Комиссаров
Связь последовательностей с отклонениями в частотах аминокислот с белок-белковыми взаимодействиями Feb 2014 May 2014 Александр Ткаченко Антон Нижников
Кирилл Антонец
Скаффолдинг бактериальных контигов с использованием нескольких референсов и дерева на примере геномов Gluconacetobacter Feb 2014 May 2014 Элина Радченко Михаил Райко
Скаффолдинг контигов с использованием базы генов Feb 2014 May 2014 Тимофей Бондарев Алексей Комиссаров
Павел Добрынин
Сравнительный анализ данных по РНК-секвенированию раковых клеток с использованием платформы Trinity Feb 2014 May 2014 Алиса Вершинина Екатерина Черняева
Ольга Баженова
Начало: Sep 2013
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
MGRA [2,3,..].0 Sep 2013 Dec 2013 Павел Авдеев Максим Алексеев
Aurelia aurita: поиск новых генов Sep 2013 Dec 2013 Анна Гончар Павел Добрынин
Complete assembly of repetitive HSV genomes from short reads Sep 2013 Dec 2013 Лидия Алексеева Son Pham
CpG islands Sep 2013 Dec 2013 Антон Брагин
Игорь Гайдай
Николай Вяххи
Dragonfly genome project Sep 2013 Dec 2013 Артем Фадеев
Надежда Пильщикова
Николай Кочкин
София Колчанова
Владимир Суворов
Gene Expression Profiling of Colon Cancer Metastatic Cells by RNA-sequencing Sep 2013 Dec 2013 Александр Худяков
Алексей Алеев
Анна Пологова
Маргарита Аксёшина
Ольга Баженова
Multiple Global Alignment in C-Sibelia Sep 2013 Dec 2013 Дмитрий Авдюхин Илья Минкин
Rosalind Armory Sep 2013 Dec 2013 Тимофей Бондарев Михаил Райко
Николай Вяххи
Rosalind Quest Sep 2013 Dec 2013 Олег Магнес Михаил Райко
Search of large-scale deletions in target-sequenced NGS data Sep 2013 Dec 2013 Герман Демидов Антон Брагин
Semi-automatic user-guided GenBank flat file feature parser Sep 2013 Dec 2013 Андрей Шевченко
Ольга Шульга
Гайк Тамазян
Аннотация SNP в экзомах пациентов с CML Sep 2013 Dec 2013 Александр Ткаченко Анна Горбунова
Иерархическая кластеризация данных NGS Sep 2013 Dec 2013 Ирина Смолина
Олег Яснев
Александр Карабельский
Павел Яковлев
Изучение представленности полигуанинов в различных геномах: оценка содержания полигуанинов в геноме человека Sep 2013 Dec 2013 Анна Левина Павел Добрынин
Изучение структурных вариаций в геноме Mycobacterium tuberculosis Sep 2013 Dec 2013 Святослав Сидоров
Ярослав Баранов
Екатерина Черняева
К-меры в геноме одного вида, секвенирванного разными платформами (мышь/дрожжи) Sep 2013 Dec 2013 Алиса Вершинина
Анна Лиознова
Алексей Комиссаров
Павел Добрынин
Мать–плод Sep 2013 Dec 2013 Кирилл Григорьев
Надия Ситдыкова
Антон Афанасьев
Нахождение регионов в вариабельных доменах иммуноглобулинов Sep 2013 Dec 2013 Константин Федоров Александр Карабельский
Павел Яковлев
Обработка данных секвенирования Sanger Sep 2013 Dec 2013 Дмитрий Мелешко
Татьяна Малыгина
Александр Карабельский
Павел Яковлев
Обработка результатов BLAST, chaining, netting Sep 2013 Dec 2013 Елена Бушманова Павел Добрынин
Оценка качества секвенирования Sep 2013 Dec 2013 Владимир Суворов
Екатерина Старостина
Алексей Комиссаров
Павел Добрынин
Оценка содержания полигуанинов в геноме мыши Sep 2013 Dec 2013 Дарья Сергеева Павел Добрынин
Поиск тандемных повторов в трех геномных сборках китайского хомячка и оценка качества сборки сортированных хромосом Sep 2013 Dec 2013 Дмитрий Остромышенский Алексей Комиссаров
Павел Добрынин
Практические занятия по пробоподготовке, секвенированию и первичному анализу данных NGS с последующим анализом рисков при их использовании в клинической генодиагностике Sep 2013 Dec 2013 Сергей Кливер Александр Павлов
Сборка аминокислотных подпоследовательностей Sep 2013 Dec 2013 Виталий Демьянюк Кира Вяткина
Сборка геномов различных штаммов дрожжей Sep 2013 Dec 2013 Элина Радченко Павел Добрынин
Система нахождения регионов на IG V-chains Sep 2013 Dec 2013 Павел Яковлев Александр Карабельский
Создание курса по NGS на платформе Stepic Sep 2013 Dec 2013 Евгений Бахмет Михаил Райко
Николай Вяххи
Начало: Jul 2013
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
IG Container Jul 2013 Aug 2013 Дмитрий Кузьминов Александр Карабельский
Reference-assisted assembly using colored breakpoint graphs Jul 2013 Aug 2013 Михаил Колмогоров Son Pham
Анализ подходов к моделированию данных метилирования ДНК Jul 2013 Aug 2013 Сергей Лебедев Олег Шпынов
Использование BLAST для нахождения гомологичных белков Jul 2013 Aug 2013 Андрей Белобородов Александр Карабельский
Нахождение регионов в вариабельных доменах иммуноглобулинов Jul 2013 Aug 2013 Константин Федоров Александр Карабельский
Система автоматической обработки иммуноглобулинов Jul 2013 Aug 2013 Павел Яковлев Александр Карабельский
Начало: Sep 2012
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Sibelia: A comparative genomic tool Sep 2012 Jun 2013 Илья Минкин
Михаил Колмогоров
Son Pham
Использование неравномерного покрытия ридами генома для разрешения повторов при секвенировании генома одной клетки Sep 2012 Jun 2013 Ксения Крашенинникова Дмитрий Антипов
Моделирование различий в данных ChIP-seq Sep 2012 Jun 2013 Алексей Диевский Олег Шпынов
Начало: Feb 2013
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Bioinformatics platform "iBinom": parallel alignment Feb 2013 May 2013 Антон Афанасьев Игнатий Колесниченко
Biological context in C-Sibelia Feb 2013 May 2013 Екатерина Старостина Son Pham
Илья Минкин
Николай Вяххи
Data processing after immunoglobuline libraries sequencing Feb 2013 May 2013 Михаил Колмогоров Александр Карабельский
Mapping-based analysis of insertions and rearrangements in chromosomes Feb 2013 May 2013 Мария Липович Сергей Нурк
Project Sibelia Feb 2013 May 2013 Анна Малова Илья Минкин
QC pipeline Feb 2013 May 2013 Константин Федоров Антон Коробейников
Rearrangements identification in c-Sibelia Feb 2013 May 2013 Надия Ситдыкова Son Pham
Илья Минкин
Николай Вяххи
RNA-seq: analysis and de novo assembly Feb 2013 May 2013 Павел Яковлев Сергей Нурк
Web интерфейс для биоинформатических программ Feb 2013 May 2013 Максим Степачёв Алексей Гуревич
Моделирование роста и деления прионных агрегатов дрожжей Feb 2013 May 2013 Дмитрий Кузьминов Олег Тарасов
Сравнительный анализ данных метилирования ДНК для клеточных линий разной степени дифференциации Feb 2013 May 2013 Сергей Лебедев Олег Шпынов
Начало: Sep 2012
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Biolinux Sep 2012 Dec 2012 Екатерина Старостина Владимир Суворов
DNA compression Sep 2012 Dec 2012 Антон Афанасьев Николай Вяххи
Gene Prediction in de novo Metagenomic Assemblies Sep 2012 Dec 2012 Екатерина Соса Николай Вяххи
Linking changes in DNA methylation and chromatin structure during cell differentiation Sep 2012 Dec 2012 Сергей Лебедев Олег Шпынов
Роман Чернятчик
Multiple libraries pathsets Sep 2012 Dec 2012 Надия Ситдыкова Son Pham
Reference Assisted Assembly Sep 2012 Dec 2012 Дмитрий Кузьминов Son Pham
Sibelia Sep 2012 Dec 2012 Михаил Колмогоров Илья Минкин
Гуманизация антител Sep 2012 Dec 2012 Азат Динуров
Павел Яковлев
Александр Карабельский
Задачи Rosalind Sep 2012 Dec 2012 Антон Мордберг
Максим Степачёв
Мария Липович
Николай Вяххи
Кластеризация данных масс-спектрометрии Sep 2012 Dec 2012 Илья Чернявский Сергей Николенко
Данные секвенирования IonTorrent Sep 2012 Dec 2012 Константин Федоров Антон Брагин
Улучшение качества сборки генома с использованием mate-pair библиотек Sep 2012 Dec 2012 Анна Малова Son Pham
Начало: Feb 2012
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Ancestral Genome Construction And Multiple Genomes Comparison Feb 2012 Jun 2012 Сергей Князев Son Pham
Consequence Feb 2012 Jun 2012 Сергей Лебедев Николай Вяххи
Echo + байесовская кластеризация Feb 2012 Jun 2012 Дмитрий Грошев
Ирина Василинец
Сергей Николенко
Genomes Comparision via de Bruijn graphs Feb 2012 Jun 2012 Илья Минкин Son Pham
ProtGen Feb 2012 Jun 2012 Михаил Звягельский Гайк Тамазян
Юрий Порозов
Перспективы низкоуровневой оптимизации современных выравнивателей Feb 2012 Jun 2012 Алексей Диевский Олег Медведев
Сравнительный анализ белков с целлюлазной активностью Feb 2012 Jun 2012 Анна Иголкина Юрий Порозов
Начало: Sep 2011
Название проекта Начало Окончание Студент Руководитель
Multiplex Spectrum Analysis Sep 2011 Dec 2011 Ксения Крашенинникова Кира Вяткина
ProtGen Sep 2011 Dec 2011 Алексей Диевский Юрий Порозов
Бикластеризация в масс-спектрометрии Sep 2011 Dec 2011 Сергей Князев Сергей Николенко
Вычисление диаметра в задаче сортировки однохромосомных геномов транспозициями Sep 2011 Dec 2011 Илья Минкин Максим Алексеев