Изучение изменения экспрессии генов при дифференцировке нейронов

Целью работы является определение типичных профилей экспрессии генов эпигенетических регуляторов при клеточной дифференцировке и выявление различия в паттернах экспрессии генов в нормальных клетках и клетках с дополнительной копией плеча 21 хромосомы.

В рамках этого проекта решалась следующая задача:  изучение систем метилирования и деметилирования ДНК в норме и патологии, с применением пакета Time course gene set analysis (TcGSA) для R.

Метод TcGSA позволяет проводить анализ данных по экспрессии генов, привязанных ко времени, и проводить кластеризацию генов по схожим динамикам экспрессии.

В ходе проекта был проведен анализ данных по динамике экспрессии генов, отвечающих за процессы метилирования и деметилирования ДНК, и их кофакторов во время дифференцировки нейронов у здоровых пациентов и пациентов с синдромом Дауна из базы данных FANTOM5. Были получены типичные профили экспрессии генов эпигенетических регуляторов при дифференцировке нейронов, но значительные различия в паттернах экспрессии генов у обеих групп выявлены не были.