Построение репертуара антител на основе данных иммуносеквенирования

Инструмент IgRepertoireConstructor применяется для построения репертуара из данных иммуносеквенирования. Одним из этапов алгоритма является выделение плотных подграфов в графе, показывающем "похожесть" исходных данных. В рамках данной задачи предлагалось разработать альтернативный алгоритм нахождения плотных подграфов и статистически оценить адекватность такой модели. В результате было реализовано два альтернативных алгоритма, приведено сравнение их результатов с используемым методом и сделан вывод, что используемый в инструменте алгоритм является оптимальным в рамках принятой модели. Также была исследована адекватность самой модели с точки зрения статистического анализа и выявлены узкие места алгоритма.

Студент:
   Андрей Слабодкин
Куратор:
   Яна Сафонова
Время выполнения проекта: Sep 2015 — Dec 2015