Анализ ошибок амплификации в данных иммуносеквенирования

Амплификация генетического материала применяется в экспериментах для искусственного увеличения его количества (пример, при секвенировании РНК или одноклеточном секвенировании). Процесс амплификации не является точным и вносит случайные ошибки (замены, короткие вставки и удаления). Многократное копирование генетической последовательности, ставшей ошибочной на раннем этапе, делает такие ошибки практически неотличимыми от естественных вариаций. Особенно сложным становится процесс исправления ошибок амплификации в данных с высокой вариабельностью (например, репертуар антител или Т-клеточных рецепторов). В рамках данного проекта был разработан метод для исправления ошибок в данных иммуносеквенирования. Предложенный метод использовал идею построения дерева клональных мутаций амплификации, которая была успешно реализована. Результат был верифицирован на данных с известным референсом, была показана его статистическая значимость.