Поиск и характеристика районов локализации тандемного повтора (GGAAA)n в геноме курицы

В ходе проведенных ранее исследований в геноме курицы был найден и охарактеризован тандемный повтор (GGAAA)n. Экспериментально установлено, что основные места локализации этого повтора находятся на обоих плечах половой хромосомы W. При предварительном анализе собранного и опубликованного генома курицы Gallus_gallus-4.0 было показано, что этот повтор не входит в состав хромосомы W, в то же время удалось обнаружить его присутствие в других участках собранного генома. Предполагается, что тандемный повтор, аккумулирующийся на гетероморфной половой хромосоме может играть важную регуляторную роль в онтогенезе самок. 

Целью работы была проверка описанной гипотезы о регуляторной роли данного повтора. 

В ходе работы над проектом были выявлены и аннотированы все участки локализации повторов (GGAAA)n в собранном геноме курицы Gallus_gallus-4.0. Всего в геноме было обнаружено 186 повторов данного типа, из них 16 находились в областях известных генов. Большая часть из этих генов ответственна за кодирование белков рецепторов, транскрипционных факторов и ростовых факторов - молекул, ответственных за регуляцию тканевой дифференцировки и генетическую регуляцию развития. Несмотря на то, что все найденные повторы были локализованы в областях интронов, они все равно могут играть роль в экспрессии данных генов. Таким образом, гены, содержащие эти повторы, могут напрямую быть связаны с формированием морфологических различий у представителей разных полов. Данное предположение все еще требует проверки и подробного исследования, в связи с чем в дальнейшем планируется проанализировать данные о транскрипции последовательностей, содержащих в своем составе (GGAAA)n на основе данных опубликованных транскриптомов, а также оценить количество этого повтора в популяционных образцах куриц.