Оценка «скрытого разнообразия» высших грибов и миксомицетов в почвах уязвимых природных экосистем

Цель даного проекта -- на примере Нижне-Свирского заповедника методами NGS выявить скрытое разнообразие высших грибов и некоторых "грибоподобных протистов" (миксомицетов) в почве, а также оценить долговременное влияние лесных пожаров на сообщества этих организмов.

В ходе проекта анализировались риды Illumina MiSeq, полученные из ДНК-библиотек с амплифицированными фрагментами гена 18s рРНК для миксомицетов и ITS-1 для грибов. Для миксомицетов требовалось предварительно создать базу референсных последовательностей маркерного гена с применением скриптов Biopython. Фильтрация ридов по качеству и поиск OTU производились с помощью QIIME, для визуализации и статистического анализа результатов использовались MEGAN и R-studio.

В результате было выявлено значительное количество таксонов грибов и миксомицетов, причем некоторые виды были необычными для средних широт. Для грибов показано увеличение видового богатства после пожаров, за тридцать лет снижающееся до контрольного уровня. Видовое богатство миксомицетов продемонстрировало некоторое снижение лишь в первые годы после пожара. Было обнаружено также, что видовой состав проб даже в пределах одной исследуемой площадки сильно варьирует, что говорит о высокой гетерогенности микроместообитаний и делает желательным увеличение числа проб для повышения надежности анализа.

Куратор:
   Михаил Райко
Время выполнения проекта: Sep 2015 — Dec 2015