Поиск генов относящихся к MHC региону

Целью нашей работы была аннотация региона MHC у трёх позвоночных животных (Tursiops truncatus, Ailuropoda melanoleuca и Vicugna pacos). В работе использовались уже имеющиеся данные о структуре MHC у позвоночных (на примере человека). В соответствии с поставленной целью, были сформулированы следующие задачи:

• Определить местоположение генов MHC в геномах животных; 
• Проаннотировать каждый участок;
• Построить карту MHC регионов для выбранных животных;
• Сравнить карту животного с картой расположения генов у человека.

Для поиска гомологичных генов мы выравнивали последовательности мРНК на геномы соответствующих животных с использование BLAST. Далее нами были определены области (скаффолды), содержащие интересующие нас гены и заново проаннотированы с помощью AUGUSTUS. И наконец, с использованием программы Circos нами были построены карты MHC регионов для Tursiops truncatus, Ailuropoda melanoleuca и Vicugna pacos.

В результате нам удалось выровнять больше 100 генов MHC региона у каждого из трёх выбранных животных.