Скаффолдинг на основе генов/экзонов

Проект посвящён задаче скаффолдинга при сборки геномов de novo. Для разрешения повторов, циклов, неотсеквенированных участков ДНК применяется метод парных прочтений или метод mate pair. В этом случае требуется проведение дополнительных экспериментов. Это создаёт дополнительные трудности и возможности проведения эксперимента может не быть. Было выдвинуто предположение, что в качестве парных прочтений можно использовать известные экзонные последовательности родственных организмов. 

В результате разработан и реализован алгоритм скаффолдинга, на основании транскриптома. Проведены успешные тесты алгоритма на симулированных данных.