Семейство генов nxf: тканеспецифичная экспрессия изоформ и идетнификация генов в новых геномах

Гены семейства nxf являются эволюционно консервативными и обнаружены у различных групп организмов, включая грибы и животных. Известно, что nxf1 участвует в экспорте мРНК из ядра в цитоплазму клетки. Его отличительной чертой является наличие альтернативных изоформ с неудаленным интроном, функциональное значение которых остается дискуссионным. Назначение nxf2 также является не выясненным.

Одним из подходов к поиску ответов на данные вопросы может быть исследование экспрессионной активности этих генов в различных физиологических состояниях. В данной работе выполнен анализ экспрессии генов семейства nxf у личинок Caenorhabditis elegans, чье развитие протекало в нормальных условиях и после выхода из состояния dauer arrest, с использованием данных РНК-секвенирования Hendriks GJ et al., 2014.

Показаны различные паттерны экспрессии основной и альтернативной (с неудаленным интроном 6-7) изоформ генов nxf1 в условиях нормального развития. При выходе из состояния dauer arrest наблюдается повышение уровней экспрессии обеих изоформ этого гена и появление корреляции между этими параметрами. Паттерн и уровень экспрессии гена nxf2 отличаются от изоформ nxf1; кроме того, они сохраняются в обоих физиологических состояниях.