Поиск адаптеров в собранных геномах

При создании библиотек ДНК для секвенирования к фрагментам ДНК пришивают адаптеры – полинуклеотидные фрагменты, облегчающие амплификацию и стыковку ридов. В результате при секвенировании прочитывается не только исследуемый фрагмент, но и адаптер. Поскольку последовательности нуклеотидов адаптеров известны, они обычно удаляются при обработке ридов.
Целью данного проекта являлось проверить наличие адаптеров компании Illumina в собранных геномах.

Результаты:

1. В опубликованных сиквенсах некоторых организмов можно найти фрагменты, совпадающие с адаптерными последовательностями (особенно у Camelus ferus – верблюд, Octodon degus – дегу и Condylura cristata – звездонос)
2. Закономерностей в аннотации адаптерных последовательностей не обнаружено: чаще всего они встречаются в некодирующей части ДНК. В кодирующей части ДНК они аннотируются как участки различных белков.