De novo сборка бактериального генома и оценка скаффолдеров

Объектом исследования являются бактерии рода Gluconacetobacter. Данный род относится к так называемым уксуснокислым бактериям и известен тем, что он входит в такую симбиотическую ассоциацию, как чайный гриб.
Одной из интересных особенностей данных бактерий является способность производить целлюлозу, аналогичную растительной.

Летом 2014 года была опубликована статья с черновой версией сборки генома бактерии Gluconacetobacter rhaeticus AF1 (Corrêa dos Santos et al., 2014). Кроме того, имеются неопубликованные данные другого штамма того же вида, CALU 1629, который был секвенирован и собран при сотрудничестве кафедры микробиологии СПбГУ и Центра геномной биоинформатики им. Ф. Г. Добржанского.

Целью работы являлось пересобрать бактериальный геном Gluconacetobacter rhaeticus AF1 и сравнить его со штаммом CALU 1629.

В рамках проекта были опробованы различные методы скаффолдинга (SSPACE, SPAdes, BESST, OPERA, SORPA,  Platanus). Полученные сборки сходны между собой и близки к сборке из исходной публикации.
Проведено сравнение обоих штаммов, в результате которого подтверждена принадлежность штамма CALU 1629 к виду Gluconacetobacter rhaeticus.