Оценка качества работы программы "Ragout"
Ragout -- программа для упорядочивания контигов с использованием нескольких референсных геномов и филогенетического дерево.
В данном проекте изучался вопрос, насколько хорошо это упорядочивание соответствует истине.
Есть несколько крупных проектов по сборке геномов конкретных видов, такие, как "Mouse genome project", которые в рамках данной работы можно считать за "верный результат". На примере Drosophila sp. исследовалось качество работы Ragout при разном количестве референсных геномов.
Сравнение позволило оценить близость вывода Ragout к "верному результату" и подтвердило улучшение работы Ragout при увеличении филогенетического дерева.
Время выполнения проекта:
Sep 2014 — Dec 2014