Assembly of Large Genomes with High Ploidy

Сборка больших геномов с высокой плоидностью (например, геномов растений) является проблемой, которая до сих пор не имеет приемлемого решения. Идея этого проекта заключается в редукции сборки большого генома к сборке независимых гомологичных участков. В случае, когда такая редукция возможна, геном разбивается на пересекающиеся гомологические регионы, каждый из которых можно представить в виде консенсусного контига. Тогда сборкой генома будет являться сборка таких перекрывающихся консенсусов.

В ходе работы над проектом были написаны скрипты для получения контигов и последующего получения гомологических участков с помощью тулов Meraculous (сборка) и Mauve (выравнивание контигов на себя с целью получения информации для определения гомологичных регионов). В дальнейшем планируется получить консенсусы с помощью dipSPAdes и посмотреть, насколько хорошо можно собрать геном по таким консенсусам.