MGRA
Главной задачей данного проекта было улучшение результатов программы MGRA. Данная программа выводит предковый порядки генов (синтении) и историю перестроек на основе существующих геномов и филогенетического дерева. Знание о предковых геномах и истории перестроек позволяет улучшить наше понимание текущего развития организмов, а так же понять или уточнить функции генов исходя из эволюционных событий, произошедших с ними.
В ходе выполнения данного проекта были улучшены результаты на симуляционных данных на 5~6% процентов по сравнению с предыдущей версией. Были обобщенны теоретические определения, на которых базируется алгоритм, что позволило получать ответ на гораздо большем количестве экспериментальных данных. Так же был обобщен алгоритм линиаризации медианного генома, полученного с помощью перестроек, включая события вставок и делеций, была доказана корректность этого алгоритма.
Время выполнения проекта:
Jul 2014 — Aug 2014