Построение и оценка качества репертуаров антител

Проект выполняется в рамках подготовки магистерской диссертации в СПбАУ РАН по направлению "Алгоритмическая биоинформатика". Дата защиты: июнь 2015 года.
 

Анализ репертуаров антител - это новый подход к исследованию имунного ответа. Количество IgSeq данных (секвенирование РНК последовательностей антител) стремительно увеличивается и появляются новые алгоритмы для построения репертуара, вследствие чего появляется необходимость оценивать результаты их работы.

Целью данного проекта была разработка приложения для оценки качества репертуара антител. IgQUAST работает в следующих режимах:

  • оценка одного репертуара
  • сравнение нескольких построенных репертуаров
  • оценка репертуара/репертуаров, если оригинальный репертуар известен
Первые два режима в первую очередь предназначены для работы с реальными данными, когда идеальный результат не известен. Третий - для симулированных данных, и строит метрики, позволяющие оценить точность построенного репертуара по сравнению с оригинальным.
 
Куратор:
   Яна Сафонова
Время выполнения проекта: Jul 2014 — Jun 2015