Scaffolding and Optical Map Assembly: Testing and Adaptation of Existing Software

Целью проекта являлось создание работающего прототипа скаффолдера, использующего совместно парные последовательности (парные риды, mate-pairs, BAC-концы, фосмиды), длинные риды PacBio и физические карты (группы сцепления, оптические карты, карты радиационных гибридов). Известно большое число скаффолдеров, использующих парные последовательности, а также известны некоторые скаффолдеры, использующие данные PacBio или оптически карты. Однако, скаффолдеров, использующих эту информацию в совокупности, нет. В процессе выполнения проект был сфокусирован на создании или модификации существующего ассемблера оптических карт и сборке с его помощью длинных фрагментов оптической карты ушастой медузы (Aurelia aurita) из коротких фрагментов (single-molecule optical maps, или “оптических ридов”).

Студент:
   Святослав Сидоров
Время выполнения проекта: Jul 2014 — Aug 2014
Файлы:
   sidorov_13092014.pdf