Секвенирование, сборка и аннотация SNP у штаммов Saccharomyces cerevisiae Петергофской генетической коллекции

Дрожжи Saccharomyces cerevisiae являются модельным генетическим объектом. В 1996 году штамм S288C стал первым эукариотическим отсеквенированным организмом. К настоящему моменту отсеквенированы и многие другие лабораторные и производственные штаммы (Saccharomyces Genome Database, www.yeastgenome.org), однако не все они собраны до целых хромосом. 

В лаборатории физиологической генетики биологического факультета СПбГУ работают со штаммами дрожжей Петергофской Генетической Коллекции, которая является одной из самых больших в мире.

Результаты:

1. Отсеквенировали 4 штамма дрожжей из Петергофской Генетической Коллекции на платформе Ion Torrent в ресурсном центре СПбГУ “Развитие молекулярных и клеточных технологий”;
2. Качество секвенирования оценили с помощью FASTQC;
3. Риды собрали до контигов с помощью SPAdes;
4. Контиги собрали в хромосомы с помощью Chromosomer;
5. Сборки проанализировали и сравнили со сборками других штаммов с помощью QUAST;
6. Проаннотировали SNP у четырех штаммов.